无法使用 distutils 构建 Cython 模块

Question

我正在尝试通过尝试 link cython 和 C headers 来构建 Cython 以尝试从 python 调用 C 函数。当我尝试使用此命令构建 python

python setup.py build_ext --inplace

显示此错误：

running build_ext
building 'cython' extension
/usr/bin/clang -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -arch i386 -arch x86_64 -g -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -I/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7 -c cython.c -o build/temp.macosx-10.6-intel-2.7/cython.o
cython.c:692:14: error: typedef redefinition with different types ('void' vs
      'struct _typeobject')
typedef void PyTypeObject;
             ^
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/include/python2.7/object.h:411:3: note: 
      previous definition is here
} PyTypeObject;
  ^
1 error generated.
error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

编辑：我的 cython.pyx 看起来像这样：

cdef extern from "rnafoldenergy.h":
    float dostuff(int maxw, char *sequence2, char *sequence3, float *freeenergy)



cpdef int dothings():
    print "Hello!"

    cdef int maxw = 50

    cdef float freeenergyarray[3]
    freeenergyarray[:] = [0, 0, 0]
    cdef char* sequence2 = "AAACATTGAAAATAAGAGTACATGAAGGATATGAGGAATTCACAATGGTTGGGCGAAGAGCAACAGCCATTCTAAGGAAAGCAACCAGAAGACTGATCCAACTGATAGTGAGTGGGAAAG"
    cdef char* sequence3 = "ATCCTTCATGTACTCTTATTTTCAATGTTTATAAAAGAGGAGAAATATAAAATGTGAAAATAAAACCTGGCGGCAGCGCAAAAG"

    cdef float interactenergy=0


    interactenergy=dostuff(maxw=maxw, sequence2=sequence2, sequence3=sequence3, freeenergy=freeenergyarray)


    print "A: %f, B: %f, AB: %f, Interact: %f" % (freeenergyarray[0],freeenergyarray[1],freeenergyarray[2],interactenergy)

    return 0

Answer 1

我想这是因为你调用了你的文件 "cython.pyx"。我可以使用名为 "cython.pyx" 的文件重现您的错误，但如果我将其重命名为其他名称，则我不会收到 typedef void PyTypeObject; 行，因此不会收到错误。

为什么这会产生那个确切的错误有点神秘，但鉴于已经有一个名为 "cython" 的模块（您正在使用...），最好不要调用您的模块同样的事情。

无法使用 distutils 构建 Cython 模块

Failure to build Cython module using distutils

python

c

python-2.7

cython

distutils