如何将 CI 晶须添加到稀疏曲线

Question

我需要制作一些稀疏曲线，我希望它们在置信区间条的边缘显示晶须，而默认设置是简单地显示没有晶须的条：

library(vegan) 
data("dune")
result <- specaccum(dune)
plot(result, lwd=2)

Default rarefaction curve

我尝试使用 arrows 函数添加一些胡须，但 specaccum 函数的结果仅包括标准偏差。所以我完成了一半的工作：

samples <- result$sites
error <- result$sd
richness <- result$richness
arrows(samples, richness-error, samples, richness+error, angle=90, code=3, length=0.05)

Rarefaction curve with sd whiskers

根据我的搜索，最常见的方法是将置信区间转换为阴影区域（通过使用参数 ci.type="polygon"），然后将 boxplot 添加到绘图中曲线。然而，这会导致我宁愿避免的非常繁忙的图像。

有没有人有更优雅的解决方案？

Answer 1

您可以尝试添加 plotCI-plot:

library(vegan) 
library(plotrix) 
data("dune")
result <- specaccum(dune)

plot(result)
plotCI(result$sites,result$richness,result$sd*2,err="y", lwd=2,add=TRUE, pch=NA)

我承认这也不是最优雅的选择，但它确实有效。

Answer 2

您忘记了乘数（参见 ?plot.specaccum 中的参数 ci）。你画的是约 68% 的置信区间。乘以 2 (ci = 2) 给出大约 95% 的置信区间，这是 plot.specaccum 默认绘制的。

在您使用的代码的修改中包括（默认）乘数

plot(result)
with(result, arrows(sites, richness - (2 * sd), sites, richness + (2 * sd),
                    angle = 90, code = 3, length = 0.05))

我们得到：

您可以忽略该警告；最后绘制的数据点的标准误差为零

> result$sd
 [1] 2.3510636 1.8763851 1.5722711 1.4469584 1.3901594 1.3530349 1.3164796
 [8] 1.2749034 1.2282010 1.1763410 1.1193437 1.0564537 0.9874094 0.9115998
[15] 0.8286890 0.7380921 0.6333903 0.5139710 0.3570714 0.0000000

和arrow()只是警告你它不会绘制长度为0的箭头。

Answer 3

github 中的 vegan 存储库现在有一个选项，可以使用参数 ci.length 将那些短的水平条绘制到误差条上。默认值为零（无水平条）以保留旧行为。