如何为每次迭代打印搜索序列的第一个结果？

Question

如何打印第一次出现的蛋白质序列？对于这个查询，我得到了四个结果，我只想要第一个。

use Bio::DB::GenBank;
use Bio::DB::Query::GenBank;

$query     = "LEGK";
$query_obj = Bio::DB::Query::GenBank->new(
    -db    => 'protein',
    -query => $query
);

$gb_obj = Bio::DB::GenBank->new;

$stream_obj = $gb_obj->get_Stream_by_query( $query_obj );

while ( $seq_obj = $stream_obj->next_seq ) {

    # do something with the sequence object
    print
        ">$query", ' ',
        $seq_obj->display_id, ' ',
        $seq_obj->desc, "\n",
        $seq_obj->seq[, '\n';

那个 while 循环应该是这样的

while ( $seq_obj = $stream_obj->next_seq ) {

    # do something with the sequence object
    print $seq_obj->display_id, "\t", $seq_obj->length, "\n";
}

Answer 1

我看到您的代码片段的主要问题是它无法编译。将 use strict; use warnings; 放在所有 perl 程序的开头。这将提醒您注意语法错误。

我不太了解生物学，但是，您正在迭代序列对象，然后用 $seq_obj->seq[,'\n'

进行了一个相当奇怪的调用

首先，调用一个函数，使用()，而不是[]，[]表示引用一个数组。其次，seq 似乎用于设置或获取序列值，我看不出 '\n' 如何成为有效值。

所以

while ($seq_obj = $stream_obj->next_seq) {
    print join(' ', $seq_obj->display_id, $seq_obj->desc)."\n"; # or use 'say'
    print $seq_obj->seq() . "\n";
}

应该打印所有序列。要获得第一个，只需不要遍历所有结果（这就是我理解你的问题的方式）：

将 while (){} 替换为：

my $first_seq_obj = $stream_obj->next_seq;
print join(' ', $first_seq_obj->display_id, $first_seq_obj->desc)."\n"; # or use 'say'
print $first_seq_obj->seq() . "\n";

如何为每次迭代打印搜索序列的第一个结果？

How can I print the first result of a search sequence for each iteration?

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