"installation of package 'FILE_PATH' had non-zero exit status" 在 R 中

Question

通过使用以下命令在 R 中安装包：

install.packages('FILE_PATH', repos=NULL, type = "source")

我收到以下错误：

Installing package into ‘/home/p/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’ (as ‘lib’ is unspecified) Errore in rawToChar(block[seq_len(ns)]) : embedded nul in string: 'PK[=14=]3[=14=]44[=14=][=14=]2[=14=]\b[=14=]]\xadVCr\xcb\xea\xfcR[=14=][=14=][=14=]\xa7[=14=][=14=][=14=]7[=14=][=14=][=14=]bivpois-Rcode/.Rhistory+\xce/-JN\xd5PO\xca,+\xc8\xcf,\xd6+IL\xcaI\xd5\vR\xd7\xe4\xe5*\x86J\xe5\xe4\xea%5`\b\xa5d\xa2\v楖\xe7%\xe6' Warning message: In install.packages("/home/p/Research/14_bivpois-Rcode.zip", repos = NULL, : installation of package ‘/home/p/Research/14_bivpois-Rcode.zip’ had non-zero exit status

R 版本是 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"，OS 是 Linux Mint (UNIX)。

为什么我会收到该错误，这意味着什么：

installation of package ‘/home/p/Research/14_bivpois-Rcode.zip’ had non-zero exit status

在 R 中？

您可以找到包 here 并且文件 14_bivpois-Rcode.zip 是来源。

我尝试在本地安装，路径是正确的。

关于在 UNIX 中安装该软件包的任何建议？

Answer 1

作者提供的 .zip 文件不是有效的 R 包，他们确实声明源是 R 中的 "direct use"（我认为他们的意思是有必要加载包含的函数手动）。 non-zero exit status 仅表示 "package" 安装过程中出现错误。

您可以手动提取存档，然后使用 source('bivpois.table.R') 等方式加载其中的函数，或者您可以下载他们提供的 .RData 文件并使用 load('.RData') 将其加载到工作区中。这不会将函数安装为软件包的一部分；相反，它将函数加载到您的全局环境中，使它们暂时可用。

您可以按如下方式从 R 下载、提取和加载 .RData：

download.file('http://stat-athens.aueb.gr/~jbn/papers/files/14/14_bivpois_RDATA.zip', 
              f <- tempfile())
unzip(f, exdir=tempdir())
load(file.path(tempdir(), '.RData'))

如果您希望 .RData 文件在当前工作目录中可用，以便将来加载，您可以改用以下内容：

download.file('http://stat-athens.aueb.gr/~jbn/papers/files/14/14_bivpois_RDATA.zip', 
              f <- tempfile())
unzip(f, exdir=tempdir())
file.copy(file.path(tempdir(), '.RData'), 'bivpois.RData')
# the above copies the .RData file to a file called bivpois.RData in your current 
# working directory.
load('bivpois.RData')

在以后的 R 会话中，您可以调用 load('bivpois.RData')。

Answer 2

您检查系统中的 gsl 包了吗？试试这个：

ldconfig-p | grep gsl

如果安装了gsl，会显示配置路径。如果它不在标准路径 /usr/lib/ 中，那么您需要在 bash 中执行以下操作：

export PATH=$PATH:/your/path/to/gsl-config

如果未安装gsl，只需执行

sudo apt-get install libgsl0ldbl
sudo apt-get install gsl-bin libgsl0-dev

我遇到了 mvabund 包的问题，这修复了错误

干杯！

Answer 3

我在尝试安装名为 AED 的软件包时遇到了类似的问题。我尝试使用 install.packages() 命令：

install.packages('FILE_PATH', repos=NULL, type = "source")

但不断收到以下警告消息：

Warning message:
In install.packages("/Users/blahblah/R-2.14.0/AED",  :
installation of package ‘/Users/blahblah/R-2.14.0/AED’ had
non-zero exit status

原来文件夹 'AED' 中还有另一个文件夹尚未解压。我只是解压缩它并尝试再次安装包，它成功了。

Answer 4

在您的 linux.
上简单安装以下库 curl: sudo apt-get install curl
libssl-dev: sudo apt-get install libssl-dev
libcurl: sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
xml2: sudo apt-get install libxml2-dev

Answer 5

您可以尝试使用命令：install.packages('*package_name', dependencies = TRUE)

例如，您必须在 linux 中的 R 机器中安装 'caret' 包：install.packages('caret', dependencies = TRUE)

这样做，包的所有依赖项也将被下载。

Answer 6

试试这个：

    apt-get install r-base-dev

会有帮助的。之后我可以制作install.packages('//package_name')

Answer 7

我在 R 中的特定包中遇到了同样的问题，解决方案是我应该在 ubuntu 终端 libcurl 中安装。看上面出现的信息给我们解释curl包安装错误

我知道消息是这样的：

Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

为了安装它，我使用了 net 命令：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

有时我们无法在 R 中安装特定的包，因为我们遇到了必须预先安装为 curl 包的包的问题。要知道我们是否应该安装它，我们应该检查警告错误，例如：installation of package ‘curl’ had non-zero exit status.

希望对您有所帮助

Answer 8

我遇到了同样的问题，@little_chemist的回答帮我解决了。从 unix OS（对我来说是 Ubuntu 18.04）中的文件安装包时，无法压缩该文件。您正在使用：

install.packages("/home/p/Research/14_bivpois-Rcode.zip", repos = NULL, type="source")

我注意到解决方案就像解压缩包一样简单。此外，如@little_chemist 指出的那样，将所有（与安装相关的？）包解压缩到里面。然后使用 install.packages:

install.packages("/home/p/Research/14_bivpois-Rcode", repos = NULL, type="source")

希望对您有所帮助！

Answer 9

对于那些使用 MacOS 和我一样的人，也许一直在网上搜索为什么有些 R 包没有安装在这里可能会有帮助。

如果您获得 non-zero 退出状态 首先检查以确保所有依赖项 也已安装。通读消息。如果选中该选项，则查找诸如 gfortran 之类的指示：没有这样的文件或目录。这可能是由于 Apple OS 编译器问题，某些软件包将无法安装，除非您使用它们的二进制版本。在 package cran.r-project.org 页面中查找二进制 zip 文件，下载它并使用以下命令安装包：

install.packages("/PATH/zip 文件 ", repos = NULL, type="source")

"installation of package 'FILE_PATH' had non-zero exit status" 在 R 中

"installation of package 'FILE_PATH' had non-zero exit status" in R

r

installation

package