在 ImageJ 或等效文件（TIFF 视频文件）中裁剪自定义形状

Question

我有一个 .tiff 视频文件，其中包含生长中的纤维，如下图所示

现在 想象一下，这种纤维会不断地直线增长和收缩。现在我想以某种方式裁剪出仅包含纤维的视频区域，例如黑色背景图像。

现在，当我播放视频时，我只想看到视频中不断增长的纤维区域，其他地方都是黑色背景。

问题：有没有办法在 ImageJ 中预先制作 "custom" 不规则形状的对象？

如果您不知道 ImageJ 是否可以进行此类图像处理，欢迎使用任何其他软件选项。

感谢您的帮助

Answer 1

是的，您可以在 ImageJ 中执行此操作。如果您能找到捕获光纤的阈值方法，您可以将其转换为选区 (ROI)，然后清除外部以将其他所有内容变为黑色：

1. 图像 > 调整 > 阈值并选择阈值，或使用其中一种自动方法。但不要应用阈值！
2. 编辑 > 选择 > 创建选择（将阈值区域变成 ROI）
3. 编辑 > 清除外部（使背景变黑 -- 假设您已将背景颜色设置为黑色）

如果你想让 window 变小，你可以在选择活动的情况下执行图像 > 裁剪。这会将图像裁剪到 ROI 的矩形边界框。但是这个尺寸会根据纤维的大小而变化。因此，您可能希望在纤维最大时执行此操作。