围绕 NA 值顺序重新排序向量的部分

Question

我有一大组数据，我想使用 R 中的 sample() 函数以十二个为一组重新排序，以生成随机数据集，我可以用这些数据集进行排列测试。但是，此数据具有无法收集数据的 NA 字符，我希望它们在数据打乱后保持在各自的原始位置。

在上一个问题的帮助下，我已经设法使用代码将 NA 值周围的数据打乱为一个包含 24 个值的向量：

    example.data <- c(0.33, 0.12, NA, 0.25, 0.47, 0.83, 0.90, 0.64, NA, NA, 1.00, 0.42)

    example.data[!is.na(example.data)] <- sample(example.data[!is.na(example.data)], replace = F, prob = NULL)

[1] 0.64  0.83  NA  0.33  0.47  0.90  0.25  0.12  NA  NA  0.42  1.00

由此扩展，如果我有一组长度为 24 的数据，我将如何将第一组和第二组 12 个值作为循环中的个别情况重新排序？

例如，从第一个示例延伸的向量：

example.data <- c(0.33, 0.12, NA, 0.25, 0.47, 0.83, 0.90, 0.64, NA, NA, 1.00, 0.42, 0.73, NA, 0.56, 0.12, 1.0, 0.47, NA, 0.62, NA, 0.98, NA, 0.05)

其中 example.data[1:12] 和 example.data[13:24] 在各自的组内围绕其 NA 值分别洗牌。

我尝试将此解决方案融入其中的代码如下：

shuffle.data = function(input.data,nr,ns){
simdata <- input.data
  for(i in 1:nr){
    start.row <- (ns*(i-1))+1
    end.row   <- start.row + actual.length[i] - 1
    newdata = sample(input.data[start.row:end.row], size=actual.length[i], replace=F)
    simdata[start.row:end.row] <- newdata
      }
return(simdata)}

其中 input.data 是原始输入数据 (example.data)； nr是组数（2），ns是每个样本的大小（12）； actual.length 是每个组的长度，不包括存储在向量中的 NAs（上例中的 actual.length <- c(9, 8)）。

有人知道如何实现吗？

再次感谢您的帮助！

Answer 1

我同意 Gregor 的评论，即以另一种形式处理数据可能是更好的方法。但是，即使所有数据都在一个向量中，您仍然可以轻松完成您需要完成的工作。

首先创建一个仅对整个向量的非 NA 值进行混洗的函数：

shuffle_real <- function(data){
  # Sample from only the non-NA values,
  # and store the result only in indices of non-NA values
  data[!is.na(data)] <- sample(data[!is.na(data)])
  # Then return the shuffled data
  return(data)
}

现在编写一个接受更大向量的函数，并将该函数应用于向量中的每个组：

shuffle_groups <- function(data, groupsize){
  # It will be convenient to store the length of the data vector
  N <- length(data)
  # Do a sanity check to make sure there's a match between N and groupsize
  if ( N %% groupsize != 0 ) {
    stop('The length of the data is not a multiple of the group size.',
         call.=FALSE)
  }
  # Get the index of every first element of a new group
  starts <- seq(from=1, to=N, by=groupsize)
  # and for every segment of the data of group 'groupsize',
  # apply shuffle_real to it;
  # note the use of c() -- otherwise a matrix would be returned,
  # where each column is one group of length 'groupsize'
  # (which I note because that may be more convenient)
  return(c(sapply(starts, function(x) shuffle_real(data[x:(x+groupsize-1)]))))
}

例如，

example.data <- c(0.33, 0.12, NA, 0.25, 0.47, 0.83, 0.90, 0.64, NA, NA, 1.00,
                  0.42, 0.73, NA, 0.56, 0.12, 1.0, 0.47, NA, 0.62, NA, 0.98,
                  NA, 0.05)

set.seed(1234)

shuffle_groups(example.data, 12)

这导致

> shuffle_groups(example.data, 12)
 [1] 0.12 0.83   NA 1.00 0.47 0.64 0.25 0.33   NA   NA 0.90 0.42 0.47   NA
[15] 0.05 1.00 0.56 0.62   NA 0.73   NA 0.98   NA 0.12

或尝试 shuffle_groups(example.data[1:23], 12)，结果是 Error: The length of the data is not a multiple of the group size.

围绕 NA 值顺序重新排序向量的部分

Sequentially re-ordering sections of a vector around NA values

random

loops

r

shuffle

permutation