R 热图 - 请求与所有变量相关的可视化

Question

我正在尝试根据 this 教程构建 'heatmap'。我的 data.frame 看起来像这样：

结果如下所示：

代码：

row.names(data) <-data$X)
data<-data[,2:5]
data_matrix<-data.matrix(data)
heat_result<-heatmap(data_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = heat.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

我的问题是：如果您查看 Bing 的 data.frame 和 3 月的百度（标记为黄色），热图上的结果是相同的（均为红色）。我假设热图显示了几个月内特定 'search engine' 的颜色，而不是所有其他搜索引擎的颜色。那么我怎样才能以颜色结果相对于所有其他搜索引擎的方式设置热图呢？我希望在 3 月看到红色 Bing。

Answer 1

您可以使用缩放参数更改缩放比例。将其更改为 "none" 将防止在绘制颜色之前跨列重新缩放。下面最后一行代码就是你想要的。

https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/heatmap.html

set.seed(42)

#uniform sampling, b is much larger than a
a = runif(10,1,10)
b = runif(10,10,100)

data = as.matrix(cbind(a,b))

#scale across columns
heatmap(data, Rowv=NA, Colv=NA, col = heat.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

#color across whole dataset.
heatmap(data, Rowv=NA, Colv=NA, col = heat.colors(256), scale="none", margins=c(5,10))

图片：

这里是规模="column"：

这是规模="none"：

R 热图 - 请求与所有变量相关的可视化

R heatmap - requesting visualization with correlation to all variables

r

heatmap