mpi4py Send() 抱怨参数数量错误

Question

系统信息：

OS: Mac OS X Lion 10.7.5（是的，很老）

Machine：Mac 专业版，2010 年中期

处理器：2 个 2.66 GHz 6 核英特尔至强

存储空间：总共 1000 GB 中的 814 GB 免费空间

内存：24 GB RAM

我正在尝试使用 mpi4py 包来并行化一组模拟，但我的安装似乎有问题。为了测试这个包，我 copy/pasted 将来自 mpi4py 文档站点的脚本放到它自己的文件中，并运行它按照文档中的说明进行：

mpiexec -n 4 python trapParallel_1.py 0.0 1.0 10000

（脚本和文档在这里：http://materials.jeremybejarano.com/MPIwithPython/pointToPoint.html#parallelizing-the-trapezoidal-rule；我复制的脚本是 trapParallel_1.py）。

但是，当我运行脚本时，我收到以下错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "trapParallel_1.py", line 59, in <module>
    comm.Send(integral)
  File "MPI/Comm.pyx", line 264, in mpi4py.MPI.Comm.Send (src/mpi4py.MPI.c:92839)
TypeError: Send() takes at least 2 positional arguments (1 given)
Traceback (most recent call last):
  File "trapParallel_1.py", line 59, in <module>
Traceback (most recent call last):
  File "trapParallel_1.py", line 59, in <module>
    comm.Send(integral)
    comm.Send(integral)
  File "MPI/Comm.pyx", line 264, in mpi4py.MPI.Comm.Send (src/mpi4py.MPI.c:92839)
  File "MPI/Comm.pyx", line 264, in mpi4py.MPI.Comm.Send (src/mpi4py.MPI.c:92839)
TypeError: Send() takes at least 2 positional arguments (1 given)
TypeError: Send() takes at least 2 positional arguments (1 given)

我没有对代码进行任何编辑——我直接从文档中获取它。我还检查了 mpi4py api 参考，其中指出 Send() 采用一个位置参数。假设代码是正确的，我相信问题出在我安装的 mpi4py 或 mpi 上，但无法弄清楚问题是什么。我用 pip 安装了 mpi4py:

pip install mpi4py

为了安装 mpi，我首先从这里安装了 mpich 3.2 版：https://www.mpich.org/downloads/。我下载了一个 tarball 到我的下载文件夹，展开它，然后从源代码构建 mpich，运行ning:

cd ~/Downloads/mpich-3.2
./configure --enable-shared --prefix=/usr/local/mpich2
make
make install

当我第一次收到错误时，我的下一步是尝试安装 OpenMPI，为此我使用了 Homebrew：

brew install open-mpi

这没有解决问题。我尝试重建 mpich 没有效果；然后，当这不起作用时，我从 mpich 的源目录中运行 make uninstall 并手动删除我能找到的名称中包含 'mpich' 的每个文件或目录。该脚本仍然生成相同的错误。

一般我会怀疑是mpi4py安装的问题。但是，我知道 mpi4py 使用 Cython，我不确定 Cython 是如何工作的（即， Send() 方法可能是 mpi 本身不存在的东西的包装器，在这种情况下，mpi 安装可能是问题所在）。

此外，在我卸载mpich之前，我从mpich源目录运行make testing查看了文件summary.xml，它总结了测试结果。根据文件，除一项测试外，一切都通过了。错误信息如下：

<NAME>gather_big</NAME>
<NP>8</NP>
<WORKDIR>./coll</WORKDIR>
<STATUS>fail</STATUS>
<TESTDIFF>
[mpiexec@ilims-mac-pro] APPLICATION TIMED OUT
[proxy:0:0@ilims-mac-pro] HYD_pmcd_pmip_control_cmd_cb (pm/pmiserv/pmip_cb.c:885): assert (!closed) failed
[proxy:0:0@ilims-mac-pro] HYDT_dmxu_poll_wait_for_event (tools/demux/demux_poll.c:76): callback returned error status
[proxy:0:0@ilims-mac-pro] main (pm/pmiserv/pmip.c:206): demux engine error waiting for event
[mpiexec@ilims-mac-pro] HYDT_bscu_wait_for_completion (tools/bootstrap/utils/bscu_wait.c:76): one of the processes terminated badly; aborting
[mpiexec@ilims-mac-pro] HYDT_bsci_wait_for_completion (tools/bootstrap/src/bsci_wait.c:23): launcher returned error waiting for completion
[mpiexec@ilims-mac-pro] HYD_pmci_wait_for_completion (pm/pmiserv/pmiserv_pmci.c:189): launcher returned error waiting for completion
[mpiexec@ilims-mac-pro] main (ui/mpich/mpiexec.c:344): process manager error waiting for completion

任何指导将不胜感激。

Answer 1

此示例是为 mpi4py 的先前版本编写的（我已将此事通知作者）

dest 参数过去是可选的（默认发送到排名 0）但现在是强制性的

commit e6765257b2d4e4d37dd5471b2ab07014ab4d9b02 Author: Lisandro Dalcin Date: Sat May 10 14:17:16 2014 +0300

Change signature of all send methods,

'dest' is a required argument.

此处正确的解决方法是替换

comm.Send(integral)

和

comm.Send(integral, 0)

mpi4py Send() 抱怨参数数量错误

mpi4py Send() complaining about wrong number of arguments

python

mpi

mpi4py