R ggplot2 boxplots - ggpubr stat_compare_means 无法正常工作
R ggplot2 boxplots - ggpubr stat_compare_means not working properly
我正在尝试使用 ggplot2 和 ggpubr 以星号的形式为我的 boxplots 添加显着性水平包，但我有很多比较，我只想展示重要的。
我尝试在stat_compare_means[中使用选项hide.ns=TRUE，但它显然 不起作用 ，它可能是 ggpubr 包中的错误。
此外，您看到我在成对 wilcox.test 比较中省略了组 "PGMC4"； kruskal.test?
我怎么能把这个组也排除在外
我的最后一个问题是显着性水平是如何工作的？如 * 显着低于 0.05，** 低于 0.025，*** 低于 0.01？ ggpubr 使用的约定是什么？它显示的是 p 值还是调整后的 p 值？如果是后者，调整方法是什么？ BH?
请查看下面我的 MWE 和 this link and this other one 以供参考
##############################
##MWE
set.seed(5)
#test df
mydf <- data.frame(ID=paste(sample(LETTERS, 163, replace=TRUE), sample(1:1000, 163, replace=FALSE), sep=''),
Group=c(rep('C',10),rep('FH',10),rep('I',19),rep('IF',42),rep('NA',14),rep('NF',42),rep('NI',15),rep('NS',10),rep('PGMC4',1)),
Value=rnorm(n=163))
#I don't want to compare PGMC4 cause I have only onw sample
groups <- as.character(unique(mydf$Group[which(mydf$Group!="PGMC4")]))
#function to make combinations of groups without repeating pairs, and avoiding self-combinations
expand.grid.unique <- function(x, y, include.equals=FALSE){
x <- unique(x)
y <- unique(y)
g <- function(i){
z <- setdiff(y, x[seq_len(i-include.equals)])
if(length(z)) cbind(x[i], z, deparse.level=0)
}
do.call(rbind, lapply(seq_along(x), g))
}
#all pairs I want to compare
combs <- as.data.frame(expand.grid.unique(groups, groups), stringsAsFactors=FALSE)
head(combs)
my.comps <- as.data.frame(t(combs), stringsAsFactors=FALSE)
colnames(my.comps) <- NULL
rownames(my.comps) <- NULL
#pairs I want to compare in list format for stat_compare_means
my.comps <- as.list(my.comps)
head(my.comps)
pdf(file="test.pdf", height=20, width=25)
print(#or ggsave()
ggplot(mydf, aes(x=Group, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() +
stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=5, size=4) +
scale_fill_manual(values=myPal) +
ggtitle("TEST TITLE") +
theme(plot.title = element_text(size=30),
axis.text=element_text(size=12),
axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
axis.ticks = element_blank(),
axis.title=element_text(size=20,face="bold"),
legend.text=element_text(size=16)) +
stat_compare_means(comparisons=my.comps, method="wilcox.test", label="p.signif", size=14) + #WHY DOES hide.ns=TRUE NOT WORK??? WHY DOES size=14 NOT WORK???
stat_compare_means(method="kruskal.test", size=14) #GLOBAL COMPARISON ACROSS GROUPS (HOW TO LEAVE PGMC4 OUT OF THIS??)
)
dev.off()
##############################
MWE 将生成以下箱线图：
问题是：
1- 如何使 hide.ns=TRUE 工作？
2-如何增加*的大小？
3- 如何从 kruskal.test 比较中排除一个组？
4- ggpubr 使用的 * 约定是什么，显示的 p 值是否经过调整？
非常感谢！！
编辑
另外，做的时候
stat_compare_means(comparisons=my.comps, method="wilcox.test", p.adjust.method="BH")
我没有获得与
时相同的 p 值
wilcox.test(Value ~ Group, data=mydf.sub)$p.value
其中 mydf.sub 是 mydf 的 subset()，用于给定的 2 组比较。
ggpubr 在这里做什么？它如何计算p.values?
编辑 2
请帮助，解决方案不必使用 ggpubr（但必须使用 ggplot2），我只需要能够隐藏 NS 并使星号的大小更大，以及与 wilcox.test() + p.adjust(method"BH").
相同的 p 值计算
谢谢！
编辑：因为我发现了 rstatix 包，所以我会这样做：
set.seed(123)
#test df
mydf <- data.frame(ID=paste(sample(LETTERS, 163, replace=TRUE), sample(1:1000, 163, replace=FALSE), sep=''),
Group=c(rep('C',10),rep('FH',10),rep('I',19),rep('IF',42),rep('NA',14),rep('NF',42),rep('NI',15),rep('NS',10),rep('PGMC4',1)),
Value=c(runif(n=100), runif(63,max= 0.5)))
library(tidyverse)
stat_pvalue <- mydf %>%
rstatix::wilcox_test(Value ~ Group) %>%
filter(p < 0.05) %>%
rstatix::add_significance("p") %>%
rstatix::add_y_position() %>%
mutate(y.position = seq(min(y.position), max(y.position),length.out = n())
ggplot(mydf, aes(x=Group, y=Value)) + geom_boxplot() +
ggpubr::stat_pvalue_manual(stat_pvalue, label = "p.signif") +
theme_bw(base_size = 16)
旧答案：
您可以尝试关注。这个想法是您使用 pairwise.wilcox.test 自行计算统计数据。然后你使用 ggsignif 函数 geom_signif
添加预先计算的 pvalues。使用 y_position，您可以放置括号，使它们不重叠。
library(tidyverse)
library(ggsignif)
library(broom)
# your list of combinations you want to compare
CN <- combn(levels(mydf$Group)[-9], 2, simplify = FALSE)
# the pvalues. I use broom and tidy to get a nice formatted dataframe. Note, I turned off the adjustment of the pvalues.
pv <- tidy(with(mydf[ mydf$Group != "PGMC4", ], pairwise.wilcox.test(Value, Group, p.adjust.method = "none")))
# data preparation
CN2 <- do.call(rbind.data.frame, CN)
colnames(CN2) <- colnames(pv)[-3]
# subset the pvalues, by merging the CN list
pv_final <- merge(CN2, pv, by.x = c("group2", "group1"), by.y = c("group1", "group2"))
# fix ordering
pv_final <- pv_final[order(pv_final$group1), ]
# set signif level
pv_final$map_signif <- ifelse(pv_final$p.value > 0.05, "", ifelse(pv_final$p.value > 0.01,"*", "**"))
# the plot
ggplot(mydf, aes(x=Group, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() +
stat_compare_means(data=mydf[ mydf$Group != "PGMC4", ], aes(x=Group, y=Value, fill=Group), size=5) +
ylim(-4,30)+
geom_signif(comparisons=CN,
y_position = 3:30, annotation= pv_final$map_signif) +
theme_bw(base_size = 16)
参数 vjust、textsize 和 size 无法正常工作。似乎是最新版本中的错误 ggsignif_0.3.0。
编辑：当您只想显示显着比较时，您可以轻松地对数据集进行子集化 CN。自从我更新到 ggsignif_0.4.0 和 R version 3.4.1，vjust 和 textsize 现在可以正常工作了。您可以尝试 step_increase.
而不是 y_position
# subset
gr <- pv_final$p.value <= 0.05
CN[gr]
ggplot(mydf, aes(x=Group, y=Value, fill=Group)) +
geom_boxplot() +
stat_compare_means(data=mydf[ mydf$Group != "PGMC4", ], aes(x=Group, y=Value, fill=Group), size=5) +
geom_signif(comparisons=CN[gr], textsize = 12, vjust = 0.7,
step_increase=0.12, annotation= pv_final$map_signif[gr]) +
theme_bw(base_size = 16)
您也可以使用 ggpubr。添加：
stat_compare_means(comparisons=CN[gr], method="wilcox.test", label="p.signif", color="red")
我正在尝试使用 ggplot2 和 ggpubr 以星号的形式为我的 boxplots 添加显着性水平包，但我有很多比较，我只想展示重要的。
我尝试在stat_compare_means[中使用选项hide.ns=TRUE，但它显然 不起作用 ，它可能是 ggpubr 包中的错误。
此外，您看到我在成对 wilcox.test 比较中省略了组 "PGMC4"； kruskal.test?
我怎么能把这个组也排除在外我的最后一个问题是显着性水平是如何工作的？如 * 显着低于 0.05，** 低于 0.025，*** 低于 0.01？ ggpubr 使用的约定是什么？它显示的是 p 值还是调整后的 p 值？如果是后者，调整方法是什么？ BH?
请查看下面我的 MWE 和 this link and this other one 以供参考
##############################
##MWE
set.seed(5)
#test df
mydf <- data.frame(ID=paste(sample(LETTERS, 163, replace=TRUE), sample(1:1000, 163, replace=FALSE), sep=''),
Group=c(rep('C',10),rep('FH',10),rep('I',19),rep('IF',42),rep('NA',14),rep('NF',42),rep('NI',15),rep('NS',10),rep('PGMC4',1)),
Value=rnorm(n=163))
#I don't want to compare PGMC4 cause I have only onw sample
groups <- as.character(unique(mydf$Group[which(mydf$Group!="PGMC4")]))
#function to make combinations of groups without repeating pairs, and avoiding self-combinations
expand.grid.unique <- function(x, y, include.equals=FALSE){
x <- unique(x)
y <- unique(y)
g <- function(i){
z <- setdiff(y, x[seq_len(i-include.equals)])
if(length(z)) cbind(x[i], z, deparse.level=0)
}
do.call(rbind, lapply(seq_along(x), g))
}
#all pairs I want to compare
combs <- as.data.frame(expand.grid.unique(groups, groups), stringsAsFactors=FALSE)
head(combs)
my.comps <- as.data.frame(t(combs), stringsAsFactors=FALSE)
colnames(my.comps) <- NULL
rownames(my.comps) <- NULL
#pairs I want to compare in list format for stat_compare_means
my.comps <- as.list(my.comps)
head(my.comps)
pdf(file="test.pdf", height=20, width=25)
print(#or ggsave()
ggplot(mydf, aes(x=Group, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() +
stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=5, size=4) +
scale_fill_manual(values=myPal) +
ggtitle("TEST TITLE") +
theme(plot.title = element_text(size=30),
axis.text=element_text(size=12),
axis.text.x = element_text(angle=45, hjust=1),
axis.ticks = element_blank(),
axis.title=element_text(size=20,face="bold"),
legend.text=element_text(size=16)) +
stat_compare_means(comparisons=my.comps, method="wilcox.test", label="p.signif", size=14) + #WHY DOES hide.ns=TRUE NOT WORK??? WHY DOES size=14 NOT WORK???
stat_compare_means(method="kruskal.test", size=14) #GLOBAL COMPARISON ACROSS GROUPS (HOW TO LEAVE PGMC4 OUT OF THIS??)
)
dev.off()
##############################
MWE 将生成以下箱线图：
问题是：
1- 如何使 hide.ns=TRUE 工作？
2-如何增加*的大小？
3- 如何从 kruskal.test 比较中排除一个组？
4- ggpubr 使用的 * 约定是什么，显示的 p 值是否经过调整？
非常感谢！！
编辑
另外，做的时候
stat_compare_means(comparisons=my.comps, method="wilcox.test", p.adjust.method="BH")
我没有获得与
时相同的 p 值wilcox.test(Value ~ Group, data=mydf.sub)$p.value
其中 mydf.sub 是 mydf 的 subset()，用于给定的 2 组比较。
ggpubr 在这里做什么？它如何计算p.values?
编辑 2
请帮助，解决方案不必使用 ggpubr（但必须使用 ggplot2），我只需要能够隐藏 NS 并使星号的大小更大，以及与 wilcox.test() + p.adjust(method"BH").
相同的 p 值计算谢谢！
编辑：因为我发现了 rstatix 包，所以我会这样做：
set.seed(123)
#test df
mydf <- data.frame(ID=paste(sample(LETTERS, 163, replace=TRUE), sample(1:1000, 163, replace=FALSE), sep=''),
Group=c(rep('C',10),rep('FH',10),rep('I',19),rep('IF',42),rep('NA',14),rep('NF',42),rep('NI',15),rep('NS',10),rep('PGMC4',1)),
Value=c(runif(n=100), runif(63,max= 0.5)))
library(tidyverse)
stat_pvalue <- mydf %>%
rstatix::wilcox_test(Value ~ Group) %>%
filter(p < 0.05) %>%
rstatix::add_significance("p") %>%
rstatix::add_y_position() %>%
mutate(y.position = seq(min(y.position), max(y.position),length.out = n())
ggplot(mydf, aes(x=Group, y=Value)) + geom_boxplot() +
ggpubr::stat_pvalue_manual(stat_pvalue, label = "p.signif") +
theme_bw(base_size = 16)
您可以尝试关注。这个想法是您使用 pairwise.wilcox.test 自行计算统计数据。然后你使用 ggsignif 函数 geom_signif
添加预先计算的 pvalues。使用 y_position，您可以放置括号，使它们不重叠。
library(tidyverse)
library(ggsignif)
library(broom)
# your list of combinations you want to compare
CN <- combn(levels(mydf$Group)[-9], 2, simplify = FALSE)
# the pvalues. I use broom and tidy to get a nice formatted dataframe. Note, I turned off the adjustment of the pvalues.
pv <- tidy(with(mydf[ mydf$Group != "PGMC4", ], pairwise.wilcox.test(Value, Group, p.adjust.method = "none")))
# data preparation
CN2 <- do.call(rbind.data.frame, CN)
colnames(CN2) <- colnames(pv)[-3]
# subset the pvalues, by merging the CN list
pv_final <- merge(CN2, pv, by.x = c("group2", "group1"), by.y = c("group1", "group2"))
# fix ordering
pv_final <- pv_final[order(pv_final$group1), ]
# set signif level
pv_final$map_signif <- ifelse(pv_final$p.value > 0.05, "", ifelse(pv_final$p.value > 0.01,"*", "**"))
# the plot
ggplot(mydf, aes(x=Group, y=Value, fill=Group)) + geom_boxplot() +
stat_compare_means(data=mydf[ mydf$Group != "PGMC4", ], aes(x=Group, y=Value, fill=Group), size=5) +
ylim(-4,30)+
geom_signif(comparisons=CN,
y_position = 3:30, annotation= pv_final$map_signif) +
theme_bw(base_size = 16)
参数 vjust、textsize 和 size 无法正常工作。似乎是最新版本中的错误 ggsignif_0.3.0。
编辑：当您只想显示显着比较时，您可以轻松地对数据集进行子集化 CN。自从我更新到 ggsignif_0.4.0 和 R version 3.4.1，vjust 和 textsize 现在可以正常工作了。您可以尝试 step_increase.
y_position
# subset
gr <- pv_final$p.value <= 0.05
CN[gr]
ggplot(mydf, aes(x=Group, y=Value, fill=Group)) +
geom_boxplot() +
stat_compare_means(data=mydf[ mydf$Group != "PGMC4", ], aes(x=Group, y=Value, fill=Group), size=5) +
geom_signif(comparisons=CN[gr], textsize = 12, vjust = 0.7,
step_increase=0.12, annotation= pv_final$map_signif[gr]) +
theme_bw(base_size = 16)
您也可以使用 ggpubr。添加：
stat_compare_means(comparisons=CN[gr], method="wilcox.test", label="p.signif", color="red")