使用 bash 脚本安装 R 包 - 响应提示

Question

在我的工作中，每天都会重新实例化访问我们集群的边缘节点服务器。这意味着我必须每天早上克隆我们的 repo 并安装一堆 R 包。我写了一个 bash 脚本（使用 https://github.com/eddelbuettel/littler 从命令行打开 R）来自动执行此操作，除了一个小问题外，它可以正常工作。

Bash 调用： r install.R

打开 R 会话并调用以下命令：

repos <- "http://... [our CRAN equivalent]"
install.packages("[package_name]",repos)

现在，通常情况下，如果我自己在 R 中输入这个，我会得到这样的响应：

Installing package into ‘/usr/hdp/2.5.5.3-2/spark2/R/lib’ (as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("[name_of_package]", repos = "http://...") :

'lib = "/usr/hdp/2.5.5.3-2/spark2/R/lib"' is not writable
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)

我会说 'y,'，然后是另一个 'y'，当它建议创建一个库时。但是，当我从 bash 脚本执行此操作时，它只是说库不可写并中止。

我在这里看到两个选项： 1) 我告诉它在哪个库中写入包。我试过了，虽然包确实去了那里，但它们是空的。实际上没有从 repo 下载任何内容。

2) 以某种方式让脚本能够输入我需要的两个肯定响应，以便让 R 执行它的操作并创建它自己的库。

如有任何建议，我们将不胜感激！

Answer 1

对此有多种解决方案。我将展示两个类似的解决方案。

交互脚本：

#!/bin/bash
# test.sh

printf "Response 1: "
read resp1
echo "You inserted $resp1"
printf "Response 2: "
read resp2
echo "You inserted $resp2"

要将两个条目通过管道传输到此脚本中，我们可以使用 here string:

$ ./test.sh <<< $'yes\nno\n'
Response 1: You inserted yes
Response 2: You inserted no

每个条目都由 \n 字符与其他条目分隔。该字符串被发送到脚本的标准输入。

或者，您也可以将字符串通过管道传输到脚本标准输入流中：

$ printf 'yes\nno\n' | ./test.sh
Response 1: You inserted yes
Response 2: You inserted no

Answer 2

两个选项：

yes | r install.R

或：

{ echo y; echo y; } | r install.R

Answer 3

注意： 这在技术上可行，但非常笨拙且容易出错。请看我的另一个回答

我想出了办法。

首先，创建或修改.Rprofile。在该文件的顶部添加安装和响应。例如：

repos = [CRAN or wherever you're sourcing from]
install.packages(package1, repos)
y
y
install.packages(package2, repos)
install.packages(package3, repos)
... # etc.

只有当 R 询问您是否要创建新库时，第一个包才需要“y”。后面的包也会丢进去

如果你真的想让它免提并且脚本在安装 R 包后做其他事情，你可以在最后添加一个 quit() 语句，这将退出 R 并做任何你想做的事情想要脚本做。当您想稍后启动 R 时，这可能会很烦人，因此您希望脚本传递几个不同的 .Rprofile。

其次， 在您的 bash 脚本中，只需使用 R 打开 R。 .Rprofile 将在启动时立即运行，并且将自动下载包。

Answer 4

一种比我最初发布的方法效果更好的不同方法：

在bash中：

为安装创建特定的库（与默认 R 将要创建的库相同）

mkdir -p R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3
Rscript --vanilla install_packages.R

在install_packages.R中：

pkg_list <- # however you want to get this

for (pkg in pkg_list) {  
  install.packages(pkg, repos = "your_cran_mirror", 
                   lib = "R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3") 
  if (!require(pkg, character.only = T)) {
    quit(save = "no", status = 1, runLast = FALSE)  
  }
}

使用此方法，R 不会提示您，您的脚本将运行按预期进行。

使用 bash 脚本安装 R 包 - 响应提示

Installing R packages with bash script - responding to prompts

bash

r

littler