如何运行多个文件的 python 脚本？

Question

我有一个脚本可以根据 > 之后的字符串按字母顺序对 FASTA 序列进行排序。这是使用单个输入文件 35.fas.

的代码示例

import os, sys
import argparse
from Bio import SeqIO

records = list(SeqIO.parse("35.fas", "fasta"))
records.sort(key=lambda x : x.id)
SeqIO.write(records, "35-sorted.fas", "fasta")

fasta 文件示例：

>BAR
ATCG
>ABC
TCGA

正确输出：

>ABC
TCGA
>BAR
ATCG

所以，我想尝试对数百个文件进行此操作并尝试 'sys.argv' 但未能成功。我不想为每个文件使用不同的输出名称作为 *-sorted。只想运行脚本并对扩展名为 .fas 的文件夹中的所有文件进行排序。这是无效的代码：

records = list(SeqIO.parse("sys.argv[0]", "fasta"))
records.sort(key=lambda x : x.id)
SeqIO.write(records, "sys.arg[0]-sorted.fas", "fasta")

Answer 1

你可能用错了sys.argv，它是所有命令行参数的数组，第一个是文件运行本身，例如看下面：

import sys
for f in sys.argv:
    print(f)

当您将文件 a.txt、b.txt 和 c.txt 拖到脚本上时，它将打印以下内容（...是完整路径的省略）：

.../a.txt

.../b.txt

.../c.txt

您可以将其实现到您的脚本中：

import os, sys
import argparse
from Bio import SeqIO

for f in sys.argv[1:]:
    records = list(SeqIO.parse(f, "fasta"))
    records.sort(key=lambda x : x.id)
    SeqIO.write(records, f[:-4] + "-sorted.fas", "fasta")

Answer 2

使用 for 循环遍历 sys.argv 中的所有文件名（您应该省略第一个条目，即程序名称）相当容易。然后剩下的就是生成输出文件名的问题。为了论证，我假设所有文件名都以 '.fas' 结尾。如果不是这种情况，字符串操作会有点诡计，但不会太糟糕。

import os, sys
import argparse
from Bio import SeqIO

for filename in sys.argv[1:]:
    records = list(SeqIO.parse(filename, "fasta"))
    records.sort(key=lambda x : x.id)
    outname = filename[:-4]+'-sorted.fas'
    SeqIO.write(records, outname, "fasta")

假设这个程序被称为 myprog.py（并且您不在 Windows，这可能需要您使用 glob.glob 函数扩展通配符名称），那么您将像这样称呼它

python myprog.py *.fas

如何运行多个文件的 python 脚本？

How to run the python script for many files?

python

biopython

如何 运行 多个文件的 python 脚本？

How to run the python script for many files?

python

biopython

如何运行多个文件的 python 脚本？