与 Biopython 进行肌肉多序列比对？
Muscle Multiple Sequence Alignment with Biopython?
我刚学会使用python（和Biopython）所以这个问题可能说明我没有经验。
为了对一个文件（FileA.fasta）中的序列进行MSA，我使用了下面的代码：
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
inp = 'FileA.fasta'
outp = 'FileB.fasta'
cline = MuscleCommandline(input=inp, out=outp)
cline()
我收到以下错误：
ApplicationError
...
Non-zero return code 127 from 'muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta', message '/bin/sh: muscle: command not found'
我知道这与可执行文件不在我的工作路径中有关。 Biopython 教程建议我更新 PATH 以包含 Muscle Tools 的位置，它为 Windows 提供了一个示例，但我不知道如何为 [=27= 执行此操作].
请帮忙。
谢谢。
首先确保您知道安装位置 muscle。例如，如果您将 muscle 安装在：
/usr/bin/muscle3.8.31_i86darwin64
然后你 edit /etc/paths 有：
$ sudo vi /etc/paths
每个条目由换行符分隔：
/usr/local/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin
将适当的路径（在本例中为 /usr/bin）添加到列表中。保存 wq!
现在，确保 muscle 在您的路径上。尝试 运行
muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta
如果可行，BioPython 代码也应该可行。
我刚学会使用python（和Biopython）所以这个问题可能说明我没有经验。
为了对一个文件（FileA.fasta）中的序列进行MSA，我使用了下面的代码：
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
inp = 'FileA.fasta'
outp = 'FileB.fasta'
cline = MuscleCommandline(input=inp, out=outp)
cline()
我收到以下错误：
ApplicationError
...
Non-zero return code 127 from 'muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta', message '/bin/sh: muscle: command not found'
我知道这与可执行文件不在我的工作路径中有关。 Biopython 教程建议我更新 PATH 以包含 Muscle Tools 的位置，它为 Windows 提供了一个示例，但我不知道如何为 [=27= 执行此操作].
请帮忙。
谢谢。
首先确保您知道安装位置 muscle。例如，如果您将 muscle 安装在：
/usr/bin/muscle3.8.31_i86darwin64
然后你 edit /etc/paths 有：
$ sudo vi /etc/paths
每个条目由换行符分隔：
/usr/local/bin
/bin
/usr/sbin
/sbin
将适当的路径（在本例中为 /usr/bin）添加到列表中。保存 wq!
现在，确保 muscle 在您的路径上。尝试 运行
muscle -in FileA.fasta -out FileB.fasta
如果可行，BioPython 代码也应该可行。