在 R Shiny 中操作 textInput

Question

我对 R 比较陌生，对 Shiny 更陌生（实际上是第一天）。

我希望用户输入多个用逗号分隔的短语，例如 female, aged, diabetes mellitus. 我有一个数据框，其中一个变量 MH2 包含文本单词。我想输出一个仅包含所有输入短语都存在的行的数据框。有时用户可能只输入一个词组，有时是 5 个。

这是我的ui.R

library(shiny)
library(stringr)

# load dataset
load(file = "./data/all_cardiovascular_case_reports.Rdata")

ui <- fluidPage(
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      textInput(inputId = "phrases", 
                label = "Please enter all the MeSH terms that you would like to search, each separated by a comma:",
                value = ""),

      helpText("Example: female, aged, diabetes mellitus")

    ),
    mainPanel(DT::dataTableOutput("dataframe"))
  )
)

这是我的 server.R

library(shiny)

server <- function(input, output)
{
  # where all the code will go
    df <- reactive({

      # counts how many phrases there are
      num_phrases <- str_count(input$phrases, pattern = ", ") + 1

      a <- numeric(num_phrases) # initialize vector to hold all phrases

      # create vector of all entered phrases
      for (i in 1:num_phrases)
      {
        a[i] <- noquote(strsplit(input$phrases, ", ")[[i]][1])
      }

      # make all phrases lowercase
      a <- tolower(a)

      # do exact case match so that each phrase is bound by "\b"
      a <- paste0("\b", a, sep = "")
      exact <- "\b"
      a <- paste0(a, exact, sep = "")

      # subset dataframe over and over again until all phrases used
      for (i in 1:num_phrases)
      {
        final <- final[grepl(pattern = a, x = final$MH2, ignore.case = TRUE), ]
      }

      return(final)
    })

    output$dataframe <- DT::renderDataTable({df()})
}

当我尝试运行ning renderText({num_phrases}) 时，我总是得到 1，即使我输入多个用逗号分隔的短语也是如此。从那以后，每当我尝试输入多个短语时，我都会运行进入 "error: subscript out of bounds." 但是，当我输入仅用逗号分隔的单词与逗号和 space （输入 "female,aged" 而不是 "female, aged") 那么这个问题就消失了，但是我的数据框没有正确地子集化。它只能子集一个短语。

请指教

谢谢。

Answer 1

我认为您的 Shiny 逻辑看起来不错，但是对数据框进行子集化的功能存在一些小问题。特别是：

a[i] <- noquote(strsplit(input$phrases, ", ")[[i]][1])

索引[[i]]和1放错地方了，应该是[[1]][i]

final <- final[grepl(pattern = a, x = final$MH2, ignore.case = TRUE), ]

你不能像这样匹配多个模式，只会使用a的第一个元素，这也是R给出的警告。

示例工作代码

这里我把input$phrases改成了inp_phrases。如果这个脚本做了你想要的，我想你可以很容易地将它复制到你的反应中，进行必要的更改（即改变 inp_phrases 回来，并添加 return(result) 语句。）。如果您希望所有模式都在一行中匹配，或者 return 所有行都匹配了任何模式，我也不完全清楚，所以我将它们都添加了，您可以取消注释您需要的那个：

library(stringr)

# some example data
inp_phrases = "ab, cd"
final = data.frame(index = c(1,2,3,4),MH2 = c("ab cd ef","ab ef","cd ef ab","ef gx"),stringsAsFactors = F)

# this could become just two lines:
a <- sapply(strsplit(inp_phrases, ", ")[[1]],  function(x) tolower(noquote(x)))
a <- paste0("\b", a, "\b") 

# Two options here, uncomment the one you need.
# Top one: match any pattern in a. Bottom: match all patterns in a
# indices = grepl(pattern = paste(a,collapse="|"), x = final$MH2, ignore.case = TRUE)
indices = colSums(do.call(rbind,lapply(a, function(x) grepl(pattern = x, x = final$MH2, ignore.case = TRUE))))==length(a)

result <- final[indices,]

Returns:

  index      MH2
1     1 ab cd ef
3     3 cd ef ab

...与索引的第二个版本（全部匹配）或

  index      MH2
1     1 ab cd ef
2     2    ab ef
3     3 cd ef ab

...第一个版本的索引（匹配任何）

希望对您有所帮助！

在 R Shiny 中操作 textInput

Manipulating textInput in R Shiny

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r

textinput

dataframe

shiny