rjags 错误 ilogit 的无效矢量参数

Question

我想比较 betareg 回归与使用 rjags 的相同回归

library(betareg)
d = data.frame(p= sample(c(.1,.2,.3,.4),100, replace= TRUE),
               id = seq(1,100,1))

# I am looking to reproduce this regression with jags
b=betareg(p ~ id, data= d, 
          link = c("logit"), link.phi = NULL, type = c("ML"))
summary(b)

下面我尝试用 rjags 做同样的回归

#install.packages("rjags")
library(rjags)
jags_str = "
model {
#model

y ~ dbeta(alpha, beta)
alpha <- mu * phi
beta  <- (1-mu) * phi
logit(mu) <- a + b*id

#priors
a  ~ dnorm(0, .5)
b  ~ dnorm(0, .5)
t0 ~ dnorm(0, .5)
phi <- exp(t0)
}" 
id = d$id
y = d$p
model <- jags.model(textConnection(jags_str), 
                    data = list(y=y,id=id)
)
update(model, 10000, progress.bar="none"); # Burnin for 10000 samples
samp <- coda.samples(model, 
                     variable.names=c("mu"), 
                     n.iter=20000, progress.bar="none")

summary(samp)
plot(samp)

我在这一行遇到错误

 model <- jags.model(textConnection(jags_str), 
                        data = list(y=y,id=id)
    )

Error in jags.model(textConnection(jags_str), data = list(y = y, id = id)) : 
  RUNTIME ERROR:
Invalid vector argument to ilogit

你能指点一下吗

(1) 如何修复错误

(2) 如何为 beta 回归设置先验

谢谢。

Answer 1

发生此错误是因为您已将 id 向量提供给标量函数 logit。在 Jags 中，反 link 函数无法向量化。要解决这个问题，您需要使用 for 循环遍历 id 的每个元素。为此，我可能会在您的数据列表中添加一个附加元素，表示 id 的长度。

d = data.frame(p= sample(c(.1,.2,.3,.4),100, replace= TRUE),
           id = seq(1,100,1), len_id = length(seq(1,100,1)))

从那里你只需要对你的 jags 代码做一个小的编辑。

for(i in 1:(len_id)){
y[i] ~ dbeta(alpha[i], beta[i])
alpha[i] <- mu[i] * phi
beta[i]  <- (1-mu[i]) * phi
logit(mu[i]) <- a + b*id[i]
}

但是，如果您跟踪 mu，它将是一个 20000（迭代次数）乘以 100（id 的长度）的矩阵。您可能对实际参数（a、b 和 phi）更感兴趣。

rjags 错误 ilogit 的无效矢量参数

rjags error Invalid vector argument to ilogit

bayesian

jags

hierarchical-bayesian

rjags