流水线切割排序 uniq
Pipelining cut sort uniq
试图从 sam 文件中获取某个字段，对其进行排序，然后查找文件中唯一数字的数量。我一直在努力：
cut -f 2 practice.sam > field2.txt | sort -o field2.txt sortedfield2.txt |
uniq -c sortedfield2.txt
剪切正在努力从字段 2 中提取数字，但是当尝试将数字分类到新文件或同一文件中时，我只是得到一个空白。我曾尝试将管道分成几个部分，但仍然出现相同的错误。我打算使用这三个函数来实现输出计数。
使用
cut -f 2 practice.sam | sort -o | uniq -c
在您的原始代码中，您将 cut 的输出重定向到 field2.txt，同时尝试将输出传输到 sort。那行不通（除非您使用 tee）。要么将命令分隔为单独的命令（例如，使用 ;），要么不将输出重定向到文件。
下半部分也是如此，您将输出写入 sortedfield2.txt，因此最终没有任何内容进入 stdout，也没有任何内容通过管道传输到 uniq。
所以替代方案可以是：
cut -f 2 practice.sam > field2.txt ; sort -o field2.txt sortedfield2.txt ; uniq -c sortedfield2.txt
与
相同
cut -f 2 practice.sam > field2.txt
sort -o field2.txt sortedfield2.txt
uniq -c sortedfield2.txt
你可以使用这个命令：
cut -f 2 practise.sam | uniq | sort > sorted.txt
你的代码是错误的。错误是"No such file or directory"。因为管道。您可以在此了解 link 它是如何使用的
试图从 sam 文件中获取某个字段，对其进行排序，然后查找文件中唯一数字的数量。我一直在努力：
cut -f 2 practice.sam > field2.txt | sort -o field2.txt sortedfield2.txt |
uniq -c sortedfield2.txt
剪切正在努力从字段 2 中提取数字，但是当尝试将数字分类到新文件或同一文件中时，我只是得到一个空白。我曾尝试将管道分成几个部分，但仍然出现相同的错误。我打算使用这三个函数来实现输出计数。
使用
cut -f 2 practice.sam | sort -o | uniq -c
在您的原始代码中，您将 cut 的输出重定向到 field2.txt，同时尝试将输出传输到 sort。那行不通（除非您使用 tee）。要么将命令分隔为单独的命令（例如，使用 ;），要么不将输出重定向到文件。
下半部分也是如此，您将输出写入 sortedfield2.txt，因此最终没有任何内容进入 stdout，也没有任何内容通过管道传输到 uniq。
所以替代方案可以是：
cut -f 2 practice.sam > field2.txt ; sort -o field2.txt sortedfield2.txt ; uniq -c sortedfield2.txt
与
相同cut -f 2 practice.sam > field2.txt
sort -o field2.txt sortedfield2.txt
uniq -c sortedfield2.txt
你可以使用这个命令：
cut -f 2 practise.sam | uniq | sort > sorted.txt
你的代码是错误的。错误是"No such file or directory"。因为管道。您可以在此了解 link 它是如何使用的