删除热图 colkey 中的白线

Question

我正在尝试创建热图，但颜色键有一些白线。

问题#1：如何去除这些白线？范围应该是从-100到100。颜色键中只有“0”应该是白色。

问题#2：如何删除列标签中的 "X"？

这是我的脚本：

library(gplots)
dat <- read.csv("Baguio.csv", header=TRUE)
mat_data<-data.matrix(dat)

my_palette <- colorRampPalette(c("blue","white","red"))(200)
breaks=c(seq(-100,-1,length=100),0,seq(1,100,length=100))

png("heatmap.png",    # create PNG for the heat map
 width = 5*300,        # 5 x 300 pixels
 height = 5*300,
 res = 300,            # 300 pixels per inch
 pointsize = 8)        # smaller font size

heatmap.2(mat_data,
 main = "test", # heat map title
 notecol="black",      # change font color of cell labels to black
 density.info="none",  # turns off density plot inside color legend
 trace="none",         # turns off trace lines inside the heat map
 margins =c(5,5),     # widens margins around plot
 col=my_palette,
 breaks=breaks,
 dendrogram="none",
 symkey=F, xlab="Year", ylab="Date",
 Colv="NA",Rowv="NA")            # turn off column clustering
dev.off()               # close the PNG device

这是数据的 link： Data

如有任何帮助，我将不胜感激。

Answer 1

问题 1：您可以使用 tidyverse 包中的 read_csv。它可以使用数字作为名称。

问题2：我复制了你的代码，我的图形没有白线。也许你可以提高分辨率？

删除热图 colkey 中的白线

Removing white lines in colkey of a heatmap

r

heatmap

gplots