如何使用区域增长算法来定义感兴趣区域？

Question

我正在处理 DICOM 图像（CT 扫描）并且想在我的照片中分离出一些感兴趣的结构，例如人体器官（如主动脉，请参见随附的图像）。我在 ITK 和 VTK 的帮助下用 C++ 编码。

假设这些器官具有特定的亮度强度，因此我可以使用区域增长算法（下面的代码）自动识别它们。为此，我之前根据属于器官的体素的平均值和标准偏差值计算了一些阈值。

如何在 ITK/VTK 功能的帮助下只保留图像中的主动脉？ 我想我正在寻找的是一个过滤器，可以做与 ITK mask image filter.

完全相反的事情

请在下面找到器官隔离对应的（伪）代码。我根据区域生长的结果计算了 5 体素的扩张，以确保包括器官的所有体素，并在裁剪后在器官周围有足够的余量。

typedef short InputPixelType;
typedef unsigned char OutputPixelType; 
const int Dimension = 3;

typedef itk::Image< InputPixelType, Dimension > InputImageType;
typedef itk::Image< OutputPixelType, Dimension > OutputImageType;

// Region growing
typedef itk::ConnectedThresholdImageFilter< InputImagetype, 
OutputImagetype > ConnectedFilterType;

ConnectedFilterType::Pointer connectedThreshold = ConnectedFilterType::New();

connectedThreshold->SetInput(input);
connectedThreshold->SetUpper(upperThreshold);
connectedThreshold->SetLower(lowerThreshold);

//Initializing seed
InternalImagetype::IndexType index;
index[0] = seed_x; 
index[1] = seed_y;
connectedThreshold->SetSeed(index);

// Dilate the resulting region-growing of 5 voxels for safety
typedef itk::BinaryBallStructuringElement< OutputImageType, 
Dimension > StructuringElementType;
typedef itk::BinaryDilateImageFilter< OutputImageType, 
OutputImageType, StruturingElementType > DilateFilterType;

StructuringElementType structuringElement;
structuringElement.SetRadius(5);
structuringElement.CreateStructuringElement();

DilateFilterType::Pointer dilateFilter = DilateFilterType::New();
dilateFilter->SetInput(connectedThreshold->GetOutput());
dilatefilter->SetKernel(structuringElement);

// Saving the results of the RG+dilation
typedef itk::ImageFileWriter< OutputImageType > WriterType;
WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
writer->SetInput(dilateFilter->GetOutput());
writer->SetFileName("organ-segmented-with-dilation.mhd");
try {
    writer->Update();
} catch(itk::ExceptionObject& err) {
    std::cerr << "Exception caught! " << err.what() << std::endl;
    return EXIT_FAILURE;
}

// What to do next to crop the input image with this region-growing?

欢迎任何帮助或评论。

Answer 1

Mask filter 本身可以做与通常做的相反的事情。默认情况下，屏蔽值为 0，外部值为 0。这意味着与掩码的非零部分相对应的图像部分被保留，其余部分被归零。如果这不是您想要的，您可以通过设置不同的掩码和外部值轻松反转逻辑。

Answer 2

郑重声明，我使用 ITK mask negated filter 解决了我的问题，与基本的遮罩过滤器相反，它直接回答了这个问题。

如何使用区域增长算法来定义感兴趣区域？

How to use region-growing algorithms to define a region of interest?

c++

vtk

dicom

itk