在 dna 列表中找到导致最小汉明距离的 k-mer

Question

我正在编写一个程序，给定输入 k=一些数字和 DNA=dna 片段列表，输出应该给出大小为 k 的 k-mer，它在字符串数组中具有最小汉明距离.我有三个函数，1. 一个计算片段 dna 的 k-mer 和不同 windows 之间的汉明距离和 returns 得分最低的 window 的汉明距离， 2. 一个生成所有可能的大小为 k 的 k-mers，和 3. 一个遍历大小为 k 的所有 windows 和每个可能的 k-mer。不幸的是，我的程序给出了不正确的输出 AAA。我知道我的逻辑错误不是在 combination(k) 中，也不是在 hammingDistance 中，因为我之前使用过它们来获得正确的结果。

import itertools
def combination(k):
    bases=['A','T','G','C']
    combo=[''.join(p) for p in itertools.product(bases, repeat=k)]
    return combo

def hammingDistance(pattern, seq):
        if pattern == seq:
               return 0
        else:
                dist=0
                for i in range(len(seq)):
                        if pattern[i] != seq[i]:
                                dist += 1
        return dist

def median_string(k, DNA):
    k_mers = combination(k)
    distance = 0 
    temp = 1000000000000000000
    for string in DNA:
        hamming = 1000000000000000000
        c = 0
        for k_mer in k_mers:
            for subset in string[c: len(string) - k]:
                if hamming > hammingDistance(k_mer, string[c : c+k]):
                    hamming = hammingDistance(k_mer, string[c : c+k])
                c += 1
            distance += hamming
            if distance < temp:
                temp = distance
                best_pattern = k_mer
            distance = 0
    return best_pattern

Answer 1

原来只是最后一个条件语句的缩进错误。

def median_string(k, DNA):
    k_mers = combination(k)
    distance = 0
    temp = 1000000000000000000
    for k_mer in k_mers:
        for string in DNA:
            hamming = 1000000000000000000
            c = 0
            for subset in string[c: len(string) - k]:
                if hamming > hammingDistance(k_mer, string[c : c+k]):
                    hamming = hammingDistance(k_mer, string[c : c+k])
                c += 1
            distance += hamming
        if distance < temp:
                temp = distance
                best_pattern=k_mer
        distance=0
    return best_pattern

在 dna 列表中找到导致最小汉明距离的 k-mer

Finding the k-mer that results in minimum hamming distance in a list of dna

python

hamming-distance