从 R 中的 runjags 对象中删除链

Question

我有一个 runjags 对象，它有两条混合得很好的链（链 1 和 3）和一条混合不好的链（链 2）。我怎样才能修剪 runjags 对象以仅包含链 1 和 3？

这是一个使用 runjags 生成 JAGS 模型的可重现示例（尽管这里的链混合得很好）。

library(runjags)

#generate the data
x <- seq(1,10, by = 0.1)
y <- x + rnorm(length(x))

#write a jags model
j.model = "
model{
#this is the model loop.
for(i in 1:N){
y[i] ~dnorm(y.hat[i], tau)
y.hat[i] <- m*x[i]
}

#priors
m ~ dnorm(0, .0001)
tau <- pow(sigma, -2)
sigma ~ dunif(0, 100)
}
"

#put data in a list.
data = list(y=y, x=x, N=length(y))

#run the jags model.
jags.out <- run.jags(j.model,
                     data = data,
                     n.chains=3,
                     monitor=c('m'))

实现此目的的一种方法是将 runjags 对象转换为 mcmc.list，然后使用以下代码删除链：

trim.jags <- as.mcmc.list(jags.out)
trim.jags <- mcmc.list(trim.jags[[1]], trimjags[[3]])

但是，一旦按此方向转换，数据将无法再恢复为 runjags 格式。我非常想要一个将输出保持为 runjags 格式的解决方案，因为我当前的工作流程依赖于 runjags 摘要输出生成的格式。

Answer 1

看看（无可否认，命名不是很明显）divide.jags 函数：

jags_13 <- divide.jags(jags.out, which.chains=c(1,3))                     
jags_13
extend.jags(jags_13)
# etc

希望这正是您想要的。

马特

从 R 中的 runjags 对象中删除链

Remove a chain from a runjags object in R

r

bayesian

jags

runjags

rjags