为 R 包编译准备嵌套的 foreach 循环时出错

Question

最简单的描述方式是显示代码。我有一个工作正常的嵌套 foreach 循环，试图准备编译为 R 包，因此删除代码中的 "library(foreach)" 。我的函数如下所示：

Calcs <- function (...) {
results <- data.frame (foreach::foreach (j = 1:NumSim, .combine = acomb,
                                .options.mpi=opts1)
                       %:%
                       foreach::foreach (i = 1:PopSize, .combine=rbind,
                                .options.mpi=opts2,
                                .export = c (ls(globalenv())),
                                .packages = c("zoo", "msm", "FAdist"))
                       foreach::`%dopar%` {


                           output <- if(rbinom(1,1,ProSecPos) > 0)
                                  replicate(DayNum, eval(call("PrbInfBep")))
                                  else rep(0, DayNum)

                           output2 <- data.frame(khf(output))
                       }
                       )

}

我在第二个 "foreach:foreach" 语句的开头收到 "unexpected symbol" 错误。

  ./functions/Parallel.R:19:28: unexpected symbol
18:                                     .packages = c("zoo", "msm", "FAdist"))
19:                            foreach
                               ^

出于某种奇怪的原因，它似乎对“%:%”很满意，或者它只是还没有恢复到那个错误。我需要像 foreach::foreach::%dopar%`

这样聪明的东西吗

Answer 1

在第二个 foreach 后面没有 %:%。请尝试使用此表示法...

对于嵌套的 foreach，您应该始终使用：

matrix<-foreach()%:%
foreach()%:%
foreach()%dopar%{

}

Answer 2

我认为 foreach 使用了一些非标准的评估，因此仅通过在所有内容之前添加 foreach:: 就不能直接在包中使用。您可以轻松地做的是在 roxygen2 文档中使用 #' @import foreach。

如果你真的想使用 foreach::，你可以，但它并不漂亮。例如，如果你想转换

library(foreach)
test1 <- foreach::foreach (j = 1:20, .combine = c) %:%
  foreach::foreach(i = 1:10, .combine = c) %do% {
    i * j 
  }

你可以做到

test2 <- foreach::`%do%`(
  foreach::`%:%`(foreach::foreach(j = 1:20, .combine = c),
                 foreach::foreach(i = 1:10, .combine = c)), 
  {
    i * j 
  }
)

all.equal(test1, test2)

PS：您将收到一条抱怨 i 和 j 的注释。要删除它，您可以在包中的某处添加 globalVariables(c("i", "j"))。

为 R 包编译准备嵌套的 foreach 循环时出错

error when preparing nested foreach loops for R package compile

foreach

r

r-package