如何使用 R & RMySQL 在函数外部连接到数据库，在函数内部断开连接，然后在该函数内部重新连接

Question

我有一个 R 脚本，它利用连接到 Amazon RDS 的 RMySQL 库。该脚本最初在运行函数之前连接到 RDS。在函数内部，查询RDS上的MySQL，然后执行Sys.sleep命令，持续24小时（86400秒），然后恢复。因为亚马逊的 RDS wait_timeout 参数设置为 8 小时 (28800)，这导致我的 R 控制台出现此错误：

Error in .local(conn, statement, ...) :
    could not run statement: MySQL server has gone away

我做不到，所以我尝试了以下代码：

duration <- 86400
con <- dbConnect(MySQL(),
       user = passwordFile$user[1],
       password = passwordFile$password[1],
       host = passwordFile$host[1],
       dbname = passwordFile$dbname[1])
query <- function(...) dbGetQuery(con, ...)
testing <- function(){
       test1 <- query("SELECT * FROM a_log")
       print(test1)
       dbDisconnect(con)
       Sys.sleep(duration)
       con <- dbConnect(MySQL(),
              user = passwordFile$user[1],
              password = passwordFile$password[1],
              host = passwordFile$host[1],
              dbname = passwordFile$dbname[1])
       test2 <- query("SELECT * FROM a_log")
       return(test2)
}
temp <- testing()
print(temp)

test1 对象打印正常。但是，在尝试打印 test2:

时出现以下错误（即使我将持续时间设置为 1）

>Error in mysqlQuickSQL(conn, statement, ...) : expired MySQLConnection

是否可以在函数外部连接到 MySQL server.database，然后在函数内部断开连接，然后在函数内部重新连接？谢谢！！

Answer 1

如果无法实际尝试此代码，一个可能的问题是您有两个函数试图管理一个连接。它可以帮助将任务与功能分开：connect_to_amazon 创建连接，query returns 一个 table，testing 包装一个进程。

在父环境中使用函数引用值也是有风险的，因为这些值以后可能会更改甚至不存在。

您可以使用 query 或任何其他访问 Amazon 数据库的函数，使用 connect_to_amazon 建立连接，然后使用 on.exit 确保它在函数运行时关闭完成。

connect_to_amazon <- function(password_file) {
  dbConnect(
    MySQL(),
    user     = password_file$user[1],
    password = password_file$password[1],
    host     = password_file$host[1],
    dbname   = password_file$dbname[1]
  )
}

query <- function(..., password_file) {
  amazon_con <- connect_to_amazon(password_file)
  on.exit(dbDisconnect(amazon_con), add = TRUE)
  dbGetQuery(conn = amazon_con, ...)
}

testing <- function(password_file) {
  test1 <- query("SELECT * FROM a_log", password_file = password_file)
  print(test)
  Sys.sleep(duration)
  test2 <- query("SELECT * FROM a_log", password_file = password_file)
  return(test2)
}

如果您需要对 Amazon 数据库执行任何其他任务，您可以编写另一个包装函数（例如 write_amazon_table(..., password_file)），或者只需调用 connect_to_amazon 并直接使用连接。

如何使用 R & RMySQL 在函数外部连接到数据库，在函数内部断开连接，然后在该函数内部重新连接

How to connect to a database outside a function, disconnect inside a function, and then reconnect inside that function with R & RMySQL

database-connection

r

function

scoping

rmysql