如何在一个ggplot2图中实现两个色标

Question

我正在尝试绘制 ggplot2 图表，但使用了两种不同的色标，一种是用户定义的，另一种是由我 data.frame.

中的单独列定义的

这在示例中更容易显示：

gene   chr     start       end    aceth   acvitd disttss    density       fc     color
1   MAP6D1  chr3 183527379 183528379 1.458988 2.190145 15514.0 0.06652449 1.501140 increased
2  MIR6729  chr1  12111873  12112873 1.581880 2.373651 23159.0 0.06244715 1.500525 increased
3 ATP6V0A4  chr7 138440797 138443072 1.517358 2.276540 41006.5 0.06244715 1.500331 increased
4    PRKCQ chr10   6560041   6562565 2.054282 3.081668 61305.0 0.01572513 1.500119 increased
5   UBE2L6 chr11  57327153  57329079 0.972952 1.458081  7687.0 0.12156697 1.498615 unchanged
6  FAM109B chr22  42469873  42471646 1.150138 1.723444   505.5 0.18451594 1.498468 unchanged

我可以使用这段代码绘制下图：

heatmap <-  ggplot(acall, aes(aceth, acvitd,labels=gene, colour = density)) + scale_color_viridis()
heatmap + theme_bw(base_size = 14) # same theme as other graphs
heatmap <- heatmap + geom_point()

使用我的 data.frame.

中的渐变列为我的图形提供了一个很好的渐变填充

然而我想用不同颜色标记 fc 大于或小于截止值的基因，但在此渐变填充中保留不变的基因。

我可以做第一部分：

cols <- c("red" = "red", "unchanged" = "darkgrey", "increased" = "#00B2FF", "decreased" = "#00B2FF")

heatmap <-  ggplot(acall, aes(aceth, acvitd,labels=gene, fill = color))
heatmap <- heatmap + scale_y_continuous(trans = "log") + scale_x_continuous(trans = "log")
heatmap <- heatmap + geom_point(size = 2.5, alpha = 1, na.rm = T, shape = 21, colour = "black")+
  scale_fill_manual(values = cols)

这给了我一个很好的情节，其中 "increased" 和 "decreased" 基因是一种颜色，"unchanged" 是深灰色。以及我之前在 "color" 列中提到的特定基因的一些突出点。

我想做的是在 "color" 列中用渐变填充绘制 "unchanged" 基因（因此第二个图中的灰色点），其余的用我定义的颜色方案。

谢谢

Answer 1

由于您没有提供所有数据组合的示例，所以我以类似的结构编了一些。

library(dplyr)

df <- tibble(
    gene   = sample.int(5000),
    aceth  = rnorm(5000), 
    acvitd = rnorm(5000)
  ) %>% 
    mutate(
      dens = dnorm(aceth) + dnorm(acvitd),
      chg  = ifelse(density < 0.4 & abs(acvitd) > 2, "changed",   "unchanged"),
      dir  = ifelse(sign(acvitd) == 1,               "increased", "decreased"),
      dir  = replace(dir, gene %in% sample.int(5000, 30), "special annotation")
    )


 ggplot() + 
   geom_point(data = filter(df, chg == "unchanged"), 
              aes(aceth, acvitd, color = dens)) + 
   geom_point(data = filter(df, chg == "changed"), 
              aes(aceth, acvitd, fill = dir), 
              shape = 22, size = 3) +
   scale_fill_manual(values = c("grey70", "white", "red")) +
   scale_color_viridis() +
   theme_bw()

你可以改变美学来匹配你想要的，但这就是我实现那种情节的方式。

如何在一个ggplot2图中实现两个色标

How to implement two color scales in one ggplot2 graph

r

ggplot2

viridis