使用 CUDA 在结构中复制指针数组

Question

我希望将一个指针数组从一个结构复制到另一个结构。结构看起来像这样：

typedef struct COORD3D
{
    int x,y,z;
}
COORD3D;

typedef struct structName
{
    double *volume;
    COORD3D size;
    // .. some other vars
}
structName;

我希望在一个函数中执行此操作，在该函数中我传入结构的空实例的地址和包含我希望复制的数据的结构的地址。目前我通过以下方式连续执行此操作：

void foo(structName *dest, structName *source)
{

    // .. some other work

    int size = source->size.x * source->size.y * source->size.z;
    dest->volume = (double*)malloc(size*sizeof(double));

    int i;
    for(i=0;i<size;i++)
       dest->volume[i] = source->volume[i];
}

我想在 CUDA 中执行此操作以加快处理速度（因为数组非常大 [~1200 万个元素]。

但是我已经尝试了以下方法，尽管代码编译并运行了，但我在数组中存储的结果不正确（似乎是非常大的随机数）

void foo(structName *dest, structName *source)
{
    // .. some other work

    int size = source->size.x * source->size.y * source->size.z;
    dest->volume = (double*)malloc(size*sizeof(double));

    // Device Pointers
    double *DEVICE_SOURCE, *DEVICE_DEST;

    // Declare memory on GPU 
    cudaMalloc(&DEVICE_DEST,size);
    cudaMalloc(&DEVICE_SOURCE,size);

    // Copy Source to GPU
    cudaMemcpy(DEVICE_SOURCE,source->volume,size,
               cudaMemcpyHostToDevice);

    // Setup Blocks/Grids
    dim3 dimGrid(ceil(source->size.x/10.0),
                 ceil(source->size.y/10.0),
                 ceil(source->size.z/10.0));
    dim3 dimBlock(10,10,10);

    // Run CUDA Kernel
    copyVol<<<dimGrid,dimBlock>>> (DEVICE_SOURCE,
                                   DEVICE_DEST,
                                   source->size.x,
                                   source->size.y,
                                   source->size.z);

    // Copy Constructed Array back to Host
    cudaMemcpy(dest->volume,DEVICE_DEST,size,
               cudaMemcpyDeviceToHost);

}

内核看起来像这样：

__global__ void copyVol(double *source, double *dest,
                        int x, int y, int z)
{
    int posX = blockIdx.x * blockDim.x + threadIdx.x;
    int posY = blockIdx.y * blockDim.y + threadIdx.y;
    int posZ = blockIdx.z * blockDim.z + threadIdx.z;

    if (posX < x && posY < y && posZ < z)
    {
        dest[posX+(posY*x)+(posZ*y*x)] =
        source[posX+(posY*x)+(posZ*y*x)];
    }   
}

谁能告诉我哪里错了？

Answer 1

我冒着回答错误的风险，但是你遗漏了数据类型的大小吗？

cudaMalloc(&DEVICE_DEST,size);

应该是

cudaMalloc(&DEVICE_DEST,size*sizeof(double));

还有

cudaMemcpy(DEVICE_SOURCE,source->volume,size, cudaMemcpyHostToDevice);

应该是

cudaMemcpy(DEVICE_SOURCE,source->volume,size*sizeof(double), cudaMemcpyHostToDevice);

等等。

使用 CUDA 在结构中复制指针数组

Copy Array of pointers inside a struct using CUDA

c

memory

arrays

struct

cuda