如何使用 R 中的附加信息从邻接表创建 igraph 对象？

Question

我有相当广泛的网络数据

df <- data.frame(name= c("Sue", "Rob", "Jacob", "Terry"), 
                 f1 = c("Rob", "Sue", "Rob", "Jacob"), 
                 f2 = c(NA, "Terry", "Terry", NA),
                 f3 = c(NA, "Jacob", NA, NA), 
                 bf1 = c(1,1,1,0), 
                 bf2 = c(NA, 1, 0, NA), 
                 bf3 = c(NA, 0, NA, NA) )

其中变量 f1 到 f3 指的是 Sue、Rob、Jacob 和 Terry 的朋友。变量 bf1 到 bf3 表示他们是否将他们视为最好的朋友。

我现在想基于此数据框使用 R igraph 创建一个图形项并包含所有信息。到目前为止我有：

adj_list <- subset(df, select = c(name, f1:f3))
m <- as.matrix(adj_list)
el1 <- cbind(m[, 1], c(m[, -1]))
el1 <- el1[complete.cases(el1),]
el1[2,] <- as.numeric(factor(c(el1[1,])))
g1 <- graph_from_edgelist(el1)

但我不知道如何将次要信息获取到图形对象中。有任何想法吗？

Answer 1

一种方法是将数据重塑为长格式。

# Get indices of columns to group together
friendsIndices <- with(dat, grep("^f", names(dat))) # strings beginning with 'f`
bffIndices <- with(dat, grep("^bf", names(dat))) # strings beginning with 'bf`

重塑

ldat <- reshape(dat, 
                varying=list(friendsIndices, bffIndices),
                direction="long", idvar="name")

# Tidy up long data -
  # remove time column
  # remove rows with `NA`
ldat <- ldat[!is.na(ldat$f1), -match("time", names(ldat))]
ldat
#          name    f1 bf1
# Sue.1     Sue   Rob   1
# Rob.1     Rob   Sue   1
# Jacob.1 Jacob   Rob   1
# Terry.1 Terry Jacob   0
# Rob.2     Rob Terry   1
# Jacob.2 Jacob Terry   0
# Rob.3     Rob Jacob   0

现在可以将数据读入 igraph

library(igraph)
g <- graph_from_data_frame(ldat)

bf 属性存储在边缘属性 E(g)$bf1 中。然后，您可以在基于此属性绘图时添加边缘颜色或权重。

plot(g, 
     edge.width=2*(E(g)$bf1+1), 
     edge.color=c("red", "blue")[E(g)$bf1+1],
     edge.curved=TRUE)

如何使用 R 中的附加信息从邻接表创建 igraph 对象？

How to create an igraph object from adjacency list with additional information in R?

r

adjacency-list

igraph