当我只知道图像的物理边界时，如何填充图像？

Question

我正在尝试在图像上应用蒙版，但蒙版图像的尺寸与要蒙版的图像不同。要应用蒙版，我必须确保图像具有相同的尺寸，所以我使用 ITK PadImageFilter class，但这样做 必须在索引而不是物理坐标中给出填充值。我的程序使我能够在物理坐标中获取两个图像的边界，而不是它们的索引。

ITK有没有办法得到给定点对应的索引？我了解像素和图像尺寸之间的关系，我只想知道在 ITK 中是否有自动执行此操作的方法。

编辑： 下面是我的代码。我知道问题是由于填充边距（x_min、x_max、...）是在物理坐标而不是索引中给出的。我该如何解决这个问题？

typedef unsigned char UcharPixelType;
typedef short ShortPixelType;
const int Dimension = 3; 

//Declare readers for both images (which are of different types)
typedef itk::ImageFileReader< ShortImageType > ShortReaderType;
typedef itk::ImageFileReader< UcharImageType > UcharReaderType;

ShortImageType::Pointer imageToBeMasked = ShortImageType::New();
// Setting imageToBeMasked to read the corresponding image

UcharImageType::Pointer maskingImage = UcharImageType::New();
// Do the same for reading the image that will mask the former one.

// Compute the bounds of both images (i.e. physical coordinates)
double* img_bounds = imageToBeMasked->GetBounds();
double* mask_bounds = maskingImage->GetBounds();

// Compute margins needed to pad the masking image
double x_min = abs(img_bounds[0] - mask_bounds[0]);
double x_max = abs(img_bounds[1] - mask_bounds[1]);
double y_min = abs(img_bounds[2] - mask_bounds[2]);
double y_max = abs(img_bounds[3] - mask_bounds[3]);
double z_min = abs(img_bounds[4] - mask_bounds[4]);
double z_max = abs(img_bounds[5] - mask_bounds[5]);

// Declare the padding filter
typedef itk::PadImageFilter< UcharImageType, UcharImageType > PadFilterType;
PadFilterType::Pointer l_enlarge_mask = PadFilterType::New();
l_enlarge_mask->SetInput(maskingImage->GetOutput());

// Create indexes for giving padding margins to the filter,
// But these are physical coordinates! How to convert them? 
UcharImageType::IndexType indexMin;
indexMin[0] = x_min;
indexMin[1] = y_min;
indexMin[2] = z_min;

UcharImageType::IndexType indexMax;
indexMax[0] = x_max;
indexMax[1] = y_max;
indexMax[2] = z_max;

l_enlarge_mask->SetPadLowerBound(indexMin);
l_enlarge_mask->SetPadUpperBound(indexMax);

typedef itk::ImageFileWriter< UcharImageType > UcharWriterType;
UcharWriterType l_writer = UcharWriterType::New();

l_writer->SetInput(l_enlarge_mask->GetOutput());
l_writer->SetFileName("padded_mask.mhd");

try{ 
    l_writer->Update();
catch(itk::ExceptionObject& err) {
    std::cerr << "Exception caught!" << err.what() << std::endl;
} // Error: boundary condition is ITK_NULLPTR

我也尝试做相反的事情，即在要屏蔽的图像上计算兴趣视图 (VOI)（因此 "cropping" 最大的图像而不是填充最小的图像）。因此，我将掩蔽图像的尺寸作为 VOI 边界，但生成的图像总是比给定边界大几个体素（1 或 2 个体素），我不知道为什么。认为这可能是因为两个图像之间的类型不同，但在其铸造版本上计算掩蔽图像的边界也不能解决问题。

Answer 1

你需要的是TransformPhysicalPointToIndex和朋友。这些方法是 ImageBase class.

的一部分

当我只知道图像的物理边界时，如何填充图像？

How can I pad an image when I only know its physical bounds?

c++

itk

pad