ggpairs 的自定义组均值函数

Question

根据 GGally R 包中 ggpairs() 函数的文档，可以将自定义函数指定为 "lower"/"upper" 参数的输入。对于连续离散变量组合，我想简单地在分类变量的类别中显示连续变量的均值（最好使用点，而不是条），如果可能的话，使用颜色美学通过另一个分类变量进一步分层。

我在以下线程中找到了一些信息：

https://github.com/ggobi/ggally/issues/218

但是我对 ggpairs（和 ggplot2）的了解太肤浅，无法从线程中的模板生成这样的自定义函数（另外，变量名 "Species" 似乎被硬编码到模板，如果可能的话，我宁愿在自定义函数中没有任何硬编码信息。

如果有人可以帮助我提供模板或解决方案草图，我将不胜感激，例如使用以下示例（其中 "custom_function" 需要替换为上述函数）：

dat <- reshape::tips
pm <- ggpairs(dat,
              mapping = aes(color = sex, alpha = 0.3),
              columns = c("total_bill", "smoker", "time", "tip"),
              showStrips = T,
              lower = list(combo = custom_function))
print(pm)

Answer 1

根据@aosmith 的评论，我做了一个自定义函数，它似乎对我的目的来说效果很好，到目前为止还没有广泛测试它，但也许它无论如何都有用：

library(GGally)
library(ggplot2)
library(ggstance)

gmean_point <- function(data, mapping, ...) {

  x <- eval(mapping$x, data)
  y <- eval(mapping$y, data)

  if(is.numeric(y)) {
    p <- ggplot(data) +
      geom_blank(mapping) +
      stat_summary(mapping,
                   geom = 'point', fun.y = mean,
                   position = position_dodge(width = 0.2))
  } else {
    p <- ggplot(data) +
      geom_blank(mapping) +
      stat_summaryh(mapping,
                    geom = 'point', fun.x = mean,
                    position = position_dodgev(height = 0.2))
  }

  p

}

pm <- ggpairs(reshape::tips,
              mapping = aes(color = sex, alpha = 0.3),
              columns = c("total_bill", "smoker", "time", "tip"),
              showStrips = T,
              lower = list(combo = gmean_point),
              upper = list(combo = 'box'))
print(pm)

Plot produced by code above

ggpairs 的自定义组均值函数

Custom group mean function for ggpairs

r

ggplot2

ggally