为什么在子进程中运行 mpirun 时 Python 挂起？

Question

我有一个使用 mpi4py 的非常简单的 MPI 脚本

# mpitest.py
from mpi4py import MPI
import time

comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.Get_rank()

time.sleep(100)

如果我运行这通常与 mpi运行一切正常

$ mpirun --np 4 python mpitest.py  # just fine

但是，如果我运行使用 subprocess 模块从 Python 内部执行此操作，那么事情运行，但我的解释器变得非常缓慢

>>> import subprocess
>>> proc = subprocess.Popen(['mpirun', '--np', '2', 'python', 'mpitest.py'])

我已经尝试过关键字参数，例如 shell=True。

环境

我已经使用最新的 Miniconda 为 Linux

安装了 Python、mpi4py 和 mpich

mrocklin@carbon:~/workspace/play$ conda list | grep mpi
mpi4py                    2.0.0                    py36_2  
mpich2                    1.4.1p1                       0

https://conda.io/miniconda.html

可重现的步骤

mrocklin@carbon:~/workspace/play$ conda create -n test-mpi python=3.6 mpi4py
Fetching package metadata .........
Solving package specifications: .

Package plan for installation in environment /home/mrocklin/Software/anaconda/envs/test-mpi:

The following NEW packages will be INSTALLED:

    mpi4py:     2.0.0-py36_2 
    mpich2:     1.4.1p1-0    
    openssl:    1.0.2l-0     
    pip:        9.0.1-py36_1 
    python:     3.6.2-0      
    readline:   6.2-2        
    setuptools: 27.2.0-py36_0
    sqlite:     3.13.0-0     
    tk:         8.5.18-0     
    wheel:      0.29.0-py36_0
    xz:         5.2.3-0      
    zlib:       1.2.11-0     

xz-5.2.3-0.tar 100% |################################| Time: 0:00:00   3.79 MB/s
zlib-1.2.11-0. 100% |################################| Time: 0:00:00   5.68 MB/s
#
# To activate this environment, use:
# > source activate test-mpi
#
# To deactivate an active environment, use:
# > source deactivate
#

mrocklin@carbon:~/workspace/play$ source activate test-mpi
(test-mpi) mrocklin@carbon:~/workspace/play$ python
Python 3.6.2 |Continuum Analytics, Inc.| (default, Jul 20 2017, 13:51:32) 
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-1)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import subprocess
>>> proc = subprocess.Popen(['mpirun', '--np', '2', 'python', 'mpitest.py'])

Answer 1

这可以通过在 subprocess.Popen 调用中添加 stdin=subprocess.DEVNULL 关键字来解决，如下所示：

>>> proc = subprocess.Popen(['mpirun', '--np', '2', 'python', 'mpitest.py'], 
                            stdin=subprocess.DEVNULL)

事实证明，mpirun 稍微劫持了 stdin 管道，这使得许多发往 python 进程的击键不会到达。

为什么在子进程中 运行 mpirun 时 Python 挂起？

Why does Python hang when running mpirun within a subprocess?

python

subprocess

mpi4py

环境

可重现的步骤

为什么在子进程中运行 mpirun 时 Python 挂起？