如何在 R 中使用 ape 包绘制树状图？

Question

我有一个大小为 ~200 x 200 的距离矩阵，我无法使用 R 中 ape 库的 BioNJ 选项绘制树状图尺寸大以使情节可见有什么方法可以提高知名度

Answer 1

两个选项取决于您的数据

如果您需要计算数据的距离矩阵，请使用

set.seed(1)                          # makes random sampling with rnorm reproducible
# example matrix
m <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)    # any MxN matrix
distm <- dist(m)                     # distance matrix
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

如果你的数据是距离矩阵（必须是方阵！）

set.seed(1)
# example matrix
m <- matrix(rnorm(25), nrow=5)       # must be square matrix!
distm <- as.dist(m)
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

一个 200 x 200 的距离矩阵给我一个合理的情节

set.seed(1)
# example matrix
m <- matrix(rnorm(200*200), nrow=200)       # must be square matrix!
distm <- as.dist(m)
hm <- hclust(distm)
plot(hm)

如何在 R 中使用 ape 包绘制树状图？

How to draw dendrogram using ape package in R?

r

dendrogram

ape-phylo