ete3：如何从分类 ID 中获取分类排名名称？

Question

我想用它来转换一堆标识符，但我需要确切地知道每个分类代码分配给哪个分类等级。下面显示的是一个有意义的转换示例，但我不知道如何标记某些分类法调用。基本的分类等级是：（域、界、门、class、目、科、属和种）https://en.wikipedia.org/wiki/Taxonomic_rank。

在大多数情况下，这很容易，但在细菌具有亚种和菌株的情况下，这可能会造成混淆。

如何让 ete3 指定谱系 ID 在分类等级中对应的等级？

import ete3
import pandas as pd

ncbi = ete3.NCBITaxa()
taxon_id = 505
lineage = ncbi.get_lineage(taxon_id)
Se_lineage = pd.Series(ncbi.get_taxid_translator(lineage), name=taxon_id)
Se_lineage[lineage]


1                       root
131567    cellular organisms
2                   Bacteria
1224          Proteobacteria
28216     Betaproteobacteria
206351          Neisseriales
481            Neisseriaceae
32257               Kingella
505          Kingella oralis
Name: 505, dtype: object

Answer 1

使用ncbi.get_rank()得到{id:name}的字典然后做一些基本的转换得到{name:taxonomy}

ete3：如何从分类 ID 中获取分类排名名称？

ete3: How to get taxonomic rank names from taxonomy id?

python

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ete3