网络图在 Python 中不显示沿边的箭头

Question

我有一个 adjacency matrix A 和一个定义每个节点坐标的数组：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
%matplotlib inline  

Import adjacency matrix A[i,j]
A = np.matrix([[0, 1, 1, 0, 0, 1, 0],
               [0, 0, 1, 1, 0, 0, 0],
               [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0],
               [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0],
               [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1], 
               [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1],
               [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]])

## Import node coordinates
xy = np.array([[0, 0],
               [-20, 20],
               [17, 27], 
               [-6, 49], 
               [15, 65], 
               [-20, 76],
               [5,  100]])

我的目标是绘制显示节点如何相互连接的图表。因此，每条边都应该有一个箭头或双向箭头，指示沿着它前进的方向。

我能够显示连接，但没有箭头，即使我将参数指定为 True。

## Draw newtwork
G = nx.from_numpy_matrix(A, xy)
nx.draw_networkx(G, pos=xy, width=3, arrows=True)

能否建议我一种无需修改输入数据（A 和 xy）即可实现目标的方法？

Answer 1

我设法得到 "arrows"。通过深入研究其他堆栈溢出问题 (here, and here)，这似乎是使用 matplotlib 获取箭头的最佳方式。

import numpy as np
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt


#Import adjacency matrix A[i,j]
A = np.matrix([[0, 1, 1, 0, 0, 1, 0],
               [0, 0, 1, 1, 0, 0, 0],
               [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0],
               [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0],
               [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1], 
               [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1],
               [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]])

## Import node coordinates
xy = np.array([[0, 0],
               [-20, 20],
               [17, 27], 
               [-6, 49], 
               [15, 65], 
               [-20, 76],
               [5,  100]]) 

G = nx.from_numpy_matrix(np.array(A), create_using = nx.MultiDiGraph())
pos = xy
nx.draw(G,pos)
labels = {i: i + 1 for i in G.nodes()}
nx.draw_networkx_labels(G, pos, labels, font_size=15, arrows=True)
plt.show()

Answer 2

在某些时候，我对 networkx 绘图工具中缺乏适当的箭头支持感到非常恼火，于是自己编写了一个，同时保持 API 几乎相同。可以找到代码here.

import numpy as np
import netgraph

A = np.matrix([[0, 1, 1, 0, 0, 1, 0],
              [0, 0, 1, 1, 0, 0, 0],
              [0, 0, 0, 1, 1, 1, 0],
              [0, 0, 0, 0, 1, 1, 0],
              [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1],
              [0, 0, 0, 0, 0, 0, 1],
              [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0]])

xy = np.array([[0, 0],
               [-20, 20],
               [17, 27],
               [-6, 49],
               [15, 65],
               [-20, 76],
               [5,  100]])

N = len(A)
node_labels = dict(zip(range(N), range(N)))
netgraph.draw(np.array(A), xy / np.float(np.max(xy)), node_labels=node_labels)

网络图在 Python 中不显示沿边的箭头

Network graph not showing arrows along edge in Python

python

graph

networkx

adjacency-matrix