使用 "pec" R 包根据 "coxph" 函数对肺数据集进行预测

Question

我想使用 Cox 比例风险模型的 coxph R 函数从 penalized R 包中获得肺部数据集的预测。

我有以下示例代码。

library(survival) 

library(pec)

library(penalized)

data("lung")

data <- lung

trainind <- sample(1:n,n*0.7)

testind <- (1:n)[-trainind]

frm <- as.formula(paste("Surv(time, status)~",paste(names(data[,-c(2,3)]), collapse="+")))

cox <- coxph(frm,data=data[trainind,])

PredError <- pec(list(Cox=cox),Hist(time,status)~1,data=data[testind,])

我从上面得到以下错误

Error in UseMethod("predictEventProb", object) : no applicable method for 'predictEventProb' applied to an object of class "coxph"

谁能解决这个问题？

Answer 1

data 数据集中必须解决两个问题：
- 删除（或估算）缺失值
- 将 status 变量重新编码为 0 和 1

library(survival) 
library(pec)
library(penalized)
set.seed(123)
data("lung")

# Delete rows with missing values
data <- na.omit(lung)
# Recode status as 0 and 1
table(data$status)
#  1   2 
# 47 120
data$status <- data$status-1

n <- nrow(data)
trainind <- sample(1:n,n*0.7)
trainset <- data[trainind,]
testset <- data[-trainind,]
frm <- as.formula(paste("Surv(time, status)~",paste(names(data[,-c(2,3)]), collapse="+")))
cox <- coxph(frm, data=trainset, y=TRUE)
PredError <- pec(list("Cox"=cox), Hist(time,status)~1, data=testset)
plot(PredError)

使用 "pec" R 包根据 "coxph" 函数对肺数据集进行预测

Using "pec" R package for prediction from "coxph" function on lung dataset

r

cox-regression

survival-analysis