在不加载到内存的情况下将 HDF5 转换为 Parquet

Question

我有一个存储为 HDF5 格式的大型数据集 (~600 GB)。由于这太大而不适合内存，我想将其转换为 Parquet 格式并使用 pySpark 执行一些基本数据预处理（规范化、查找相关矩阵等）。但是，我不确定如何在不将其加载到内存的情况下将整个数据集转换为 Parquet。

我查看了这个要点：https://gist.github.com/jiffyclub/905bf5e8bf17ec59ab8f#file-hdf_to_parquet-py，但似乎整个数据集都被读入了内存。

我想到的一件事是分块读取 HDF5 文件并将其逐步保存到 Parquet 文件中：

test_store = pd.HDFStore('/path/to/myHDFfile.h5')
nrows = test_store.get_storer('df').nrows
chunksize = N
for i in range(nrows//chunksize + 1):
    # convert_to_Parquet() ...

但我找不到任何允许我逐步构建 Parquet 文件的文档。任何进一步阅读的链接将不胜感激。

Answer 1

您可以为此使用 pyarrow！

import pandas as pd
import pyarrow as pa
import pyarrow.parquet as pq


def convert_hdf5_to_parquet(h5_file, parquet_file, chunksize=100000):

    stream = pd.read_hdf(h5_file, chunksize=chunksize)

    for i, chunk in enumerate(stream):
        print("Chunk {}".format(i))

        if i == 0:
            # Infer schema and open parquet file on first chunk
            parquet_schema = pa.Table.from_pandas(df=chunk).schema
            parquet_writer = pq.ParquetWriter(parquet_file, parquet_schema, compression='snappy')

        table = pa.Table.from_pandas(chunk, schema=parquet_schema)
        parquet_writer.write_table(table)

    parquet_writer.close()

Answer 2

感谢您的回答，我尝试从 CLI 调用下面的 py 脚本，但它既没有显示任何错误，也看不到转换后的镶木地板文件。

而且h5文件也不为空enter image description here

导入 pandas 作为 pd 将 pyarrow 导入为 pa 将 pyarrow.parquet 导入为 pq

h5_file = "C:\Users...\tall.h5" parquet_file = "C:\Users...\my.parquet"

def convert_hdf5_to_parquet(h5_file, parquet_file, chunksize=100000):

stream = pd.read_hdf(h5_file, chunksize=chunksize)

for i, chunk in enumerate(stream):
    print("Chunk {}".format(i))
    print(chunk.head())

    if i == 0:
        # Infer schema and open parquet file on first chunk
        parquet_schema = pa.Table.from_pandas(df=chunk).schema
        parquet_writer = pq.ParquetWriter(parquet_file, parquet_schema, compression='snappy')

    table = pa.Table.from_pandas(chunk, schema=parquet_schema)
    parquet_writer.write_table(table)
parquet_writer.close()

在不加载到内存的情况下将 HDF5 转换为 Parquet

Converting HDF5 to Parquet without loading into memory

python

hdf5

pandas

parquet

hdf