snakemake 代码上的代理文件

Proxy file on snakemake code

我想使用星号进行对齐,我使用代理文件进行星号对齐。 没有代理文件 star-align 运行 也没有引用。因此,如果我将 database.done 的存在作为对齐过程的输入约束,则对齐过程可以开始。 如何处理这种情况?

rule star_index:
    input:
        config['references']['transcriptome_fasta']
    output:
          genome=config['references']['starindex_dir'],
          tp=touch("database.done")
    shell:
          'STAR --limitGenomeGenerateRAM 54760833024 --runMode genomeGenerate --genomeDir {output.genome} --genomeFastaFiles {input}'




rule star_map:
    input:
        dt="trim/{sample}/",
        forward_paired="trim/{sample}/{sample}_forward_paired.fq.gz",
        reverse_paired="trim/{sample}/{sample}_reverse_paired.fq.gz",
        forward_unpaired="trim/{sample}/{sample}_forward_unpaired.fq.gz",
        reverse_unpaired="trim/{sample}/{sample}_reverse_unpaired.fq.gz",
        t1p="database.done",
    output:
        out1="ALIGN/{sample}/Aligned.sortedByCoord.out.bam",
        out2="ALIGN/{sample}/",
       # out2=touch("Star.align.done")
    params:
        genomedir = config['references']['basepath'],
        sample="mitico",
        platform_unit=config['platform'],
        cente=config['center']
    threads: 12
    log: "ALIGN/log/{params.sample}_star.log"
    shell:
        'mkdir -p ALIGN/;STAR --runMode alignReads  --genomeDir {params.genomedir} '
        r' --outSAMattrRGline  ID:{params.sample} SM:{params.sample} PL:{config[platform]}  PU:{params.platform_unit} CN:{params.cente} '
        '--readFilesIn   {input.forward_paired} {input.reverse_paired}  \
       --readFilesCommand zcat 
       --outWigType wiggle \
       --outWigStrand Stranded --runThreadN  {threads} --outFileNamePrefix  {output.out2}  2> {log} '

如何才能在前面的所有功能完成后才启动模块。 我 mean.Here 创建索引,然后 trim 填充数据,然后开始对齐。我想在完成所有示例的所有步骤后启动一个新函数,如 运行 fastqc。如何在 snakemake 中解码这个? 非常感谢您的耐心帮助

没有提及基因组作为 "star_map" 的必需输入,我认为该规则开始得太早了。

尝试将基因组参考从 "Parameter" 变为 star_map 的 "Input" 要求。 Snakemake 不等待参数,只等待输入。所有参考基因组都应列为输入。事实上,所有需要的文件都应列为输入要求。参数只是为了方便;临时字符串和动态内容。

我不完全确定您的文件之间的连接性,其中一些引用是针对您未提供的 YAML 文件的,因此我不能保证代码能够正常工作。

rule star_map:
    input:
        dt="trim/{sample}/",
        forward_paired="trim/{sample}/{sample}_forward_paired.fq.gz",
        reverse_paired="trim/{sample}/{sample}_reverse_paired.fq.gz",
        forward_unpaired="trim/{sample}/{sample}_forward_unpaired.fq.gz",
        reverse_unpaired="trim/{sample}/{sample}_reverse_unpaired.fq.gz",
        # Including the gnome as a required input, so Snakemake knows to wait for it too.
        genomedir = config['references']['basepath'],
    output:
        out1="ALIGN/{sample}/Aligned.sortedByCoord.out.bam",
        out2="ALIGN/{sample}/",

Snakemake 不会检查您的 shell 命令正在接触和修改的文件。 Snakemake 只知道协调 "input" 和 "output" 指令中描述的文件。