无法在 Beowulf 集群上正确运行个人作业。示例工作正常

Question

我最近使用一个主节点和两个客户端节点设置了一个 Beowulf 集群。客户端节点都共享主节点的 /home/mpiuser/ 目录，并在主节点上的目录更改时自动更新。我已经成功运行使用以下命令

下载 MPICH2 时给出的示例编译 cpi 文件

$ mpiexec -f hosts -n 3 /home/mpiuser/mpich2-1.4.1/examples/cpi

给出以下输出

Process 0 of 3 is on Master
Process 2 of 3 is on Slave2
Process 1 of 3 is on Slave1
pi is approximately 3.1415926544231318, Error is 0.0000000008333387
wall clock time = 0.001477

然后当我尝试运行我在此处创建的 python 文件时：/home/mpiuser/Development/fact_test.py，使用此命令

$ mpiexec -f hosts -n 3 /home/mpiuser/Development/fact_test.py

我收到以下错误

[proxy:0:0@Master] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:69): execvp error on file /home/mpiuser/Development/fact_test.py (Permission denied)
[proxy:0:1@Slave1] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:69): execvp error on file /home/mpiuser/Development/fact_test.py (Permission denied)
[proxy:0:2@Slave2] HYDU_create_process (./utils/launch/launch.c:69): execvp error on file /home/mpiuser/Development/fact_test.py (Permission denied)

此外，我还可以通过此输入输出正确获取主节点和客户端节点的名称：

$ mpirun --machinefile hosts hostname
Master
Slave1
Slave2

我不太确定错误是从哪里来的。一些附加信息： MPICH2 版本：1.4.1 Python版本：3.5.2

fact_test.py:

import scipy as sp
import time

def factorial_func(i):
    return sp.math.factorial(i)

if __name__ == "__main__":
    i = 1e5
    t0 = time.time()
    fac = factorial_func(i)
    t1 = time.time()
    print(t1-t0)

如果您需要更多信息，我很乐意提供。谢谢！

Answer 1

您可以运行 /home/mpiuser/Development/fact_test.py 在您的登录节点上吗？

我对此表示怀疑，因为 - 没有魔法头来使用 python 解释器 - 文件可能不可执行

一个选项是在文件的开头添加

#!/usr/bin/python

然后

chmod 755 /home/mpiuser/Development/fact_test.py

和其他选项是手动使用 python 解释器，您的 mpiexec 命令将变为

mpiexec -f hosts -n 3 python /home/mpiuser/Development/fact_test.py

无法在 Beowulf 集群上正确运行个人作业。示例工作正常

Unable to correctly run a personal job on the Beowulf cluster. Example job works fine

python

ubuntu

mpi

cluster-computing

mpich

无法在 Beowulf 集群上正确 运行 个人作业。示例工作正常

Unable to correctly run a personal job on the Beowulf cluster. Example job works fine

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无法在 Beowulf 集群上正确运行个人作业。示例工作正常