bash 排序错误 "sort: write failed: standard output: Broken pipe"

Question

当我运行这个脚本时，我收到一条错误消息： "sort: write failed: standard output: Broken pipe"

如果有人能帮助我那就太棒了，我被这个错误弄疯了

输入文件是一个文件列表，所有文件都包含 FASTA 格式的 DNA 序列，因此每个文件都有几个序列（每个序列在一行中），格式为：在 $1（标识符）中在 $2,3,4,5,6,7&8（更多值）中在 $9（DNA 序列）中

然后我想要 select 每个文件中每个序列的序列数（$common_hits）（这个数字不是固定值，但我为示例设置了 6） - 必须删除所有少于 6 个序列的文件 -6个序列的文件都可以 - 超过 6 个序列的文件必须减少到 6 个序列（这些序列由字段 $5 的较高值select编辑）

输出文件必须包含所有 6 个序列，并且序列（字段 $9）必须位于标识符之后的行中

我暂时不会删除超过 6 个序列的原始文件，因为我想确保它有效

par_list=`ls -1 *BR`

common_hits="6"

for i in ${par_list}

do

   if [ "`cat ${i} | wc -l`" -lt "${common_hits}" ]
   then
      rm -f ${i}
   elif [ "`cat ${i} | wc -l`" -gt "${common_hits}" ]
   then
      cat ${i} | sort -nr -k 5 | head -n ${common_hits} | \
      awk '{print "    " "    " "    " "    " "    " "    " "           " ; print }' > ${i}.ph 
   fi

done

Answer 1

sort | head 总是报告错误，如果 head 在 sort 写入所有输出之前退出（或以其他方式关闭其标准输入）（如果 sort 写入的流比 head 消耗的流长得多，就会出现这种情况）。这是设计使然：如果 sort 无法写入其所有输出，则预计会失败；如果忽略此类故障，它也会忽略由于其他原因（磁盘已满、网络连接断开等）无法写入输出的情况

这没有什么不寻常或不受欢迎的。如果您不关心错误，请忽略它，并检查管道输出的行数以确定您是否有错误情况。

bash 排序错误 "sort: write failed: standard output: Broken pipe"

bash error in sort "sort: write failed: standard output: Broken pipe"

sorting

bash

broken-pipe