将 ggplot 中点的 alpha 设置为数字向量

Question

我正在尝试使用 ggplot 创建 NMDS 图。除了点的标准绘图（communities/assemblages）和外壳等。我还想调整每个点的 alpha。

我计算了一个 0-1 数值向量（称为 "Alpha"），它反映了与每个点对应的调查时间，我想用它来修改每个点的 alpha观点。到目前为止，我一直在使用以下主题的变体：

 ggplot() +
     geom_point(data = data.scores, aes(x = NMDS1, y = NMDS2, colour =Treatment), size = 3) +
     scale_colour_manual(values = c("Burnt" = "black", "Grazed" = "tan4","Control" = "green4")) +
     scale_alpha_manual(values = Alpha) +
     geom_polygon(data = hull.data, aes( x = NMDS1, y = NMDS2, colour = Treatment),
                  linetype = "dashed", fill = NA) +
     coord_equal() +
     theme_bw() +
     theme(panel.border = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(),
           panel.grid.minor = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"),
           legend.position="top")

这只得到了所有点的 alpha 为 1 的图，alpha 不是 1 但设置为相同的值（大概是我向量中的第一个值）或错误消息。有谁知道我做错了什么吗？

作为参考，我能够相当轻松地使用基本 R 图形创建我想要的内容，但我需要我的绘图是 ggplot 图形：

Answer 1

ggplot() 语法期望为层映射的值在该层中传递，因此在 geom_point() 中传递，而不是通过添加比例。所以现在您没有定义要应用 alpha 比例的图层，因此所有图层都显示为 alpha = 1（默认值）。

您可以直接在 geom_point() 中使用原始向量。使用 mtcars:

的可重现示例

library(ggplot2)
set.seed(1)

# sim your Alpha
Alpha <- runif(nrow(mtcars))

ggplot(data = mtcars, aes(mpg, hp)) +
    geom_point(alpha = Alpha)

scale_alpha_manual() 不会对此图产生任何影响，因为您没有使用 aes(alpha = ...).

映射任何内容

将 ggplot 中点的 alpha 设置为数字向量

Set the alpha of points in ggplot to a numeric vector

plot

alpha

r

ggplot2