PCA 结果的 R ggbiplot：为什么结果图这么窄以及如何调整宽度？

Question

所以我做了一个 PCA 分析，我通常用 ggplot2 绘制结果，但我最近发现了 ggbiplot，它可以用变量显示箭头。

ggbiplot 似乎工作正常，尽管它显示出一些问题（比如无法更改点大小，因此我在 MWE 中做的整个图层）。

我现在面临的问题是，虽然 ggplot2 绘图会根据绘图区域调整绘图宽度，但 ggbiplot 不会。根据我的数据，ggbiplot 非常窄并且垂直边距非常宽，即使它扩展了与 ggplot2 图相同的 x 轴间隔（实际上是相同的图）。

我在这里使用 iris 数据，所以我不得不将 png 宽度设置得特别大，这样我面临的问题就变得很明显了。请检查下面的 MWE：

data(iris)
head(iris)
pca.obj <- prcomp(iris[,1:4],center=TRUE,scale.=TRUE)
pca.df <- data.frame(Species=iris$Species, as.data.frame(pca.obj$x))
rownames(pca.df) <- NULL
png(filename="test1.png", height=500, width=1000)
print(#or ggsave()
  ggplot(pca.df, aes(x=PC1, y=PC2)) +
  geom_point(aes(color=Species), cex=3)
)
dev.off()
P <- ggbiplot(pca.obj,
         obs.scale = 1, 
         var.scale=1,
         ellipse=T,
         circle=F,
         varname.size=3,
         groups=iris$Species, #no need for coloring, I'm making the points invisible
         alpha=0) #invisible points, I add them below
P$layers <- c(geom_point(aes(color=iris$Species), cex=3), P$layers) #add geom_point in a layer underneath (only way I have to change the size of the points in ggbiplot)
png(filename="test2.png", height=500, width=1000)
print(#or ggsave()
    P
)
dev.off()

此代码生成以下两个图像。

ggplot2 输出（所需的绘图宽度）：

ggbiplot 输出（绘图区域太窄）：

看看如何，当 ggplot2 将绘图宽度调整到绘图区域时，ggbiplot 不会。根据我的数据，ggbiplot 图非常窄，垂直边距很大。

我的问题是：如何让 ggbiplot 表现得像 ggplot2？如何使用 ggbiplot 将绘图宽度调整到我想要的绘图区域（png 大小）？谢谢！

Answer 1

将 coord_equal() 中的 ratio 参数更改为小于 1 的某个值（ggbiplot() 中的默认值）并将其添加到您的绘图中。来自函数描述："Ratios higher than one make units on the y axis longer than units on the x-axis, and vice versa."

P + coord_equal(ratio = 0.5)

注意：正如@Brian 在评论中指出的那样，"changing the aspect ratio would bias the interpretation of the length of the principal component vectors, which is why it's set to 1."

PCA 结果的 R ggbiplot：为什么结果图这么窄以及如何调整宽度？

R ggbiplot for PCA results: why is the resulting plot so narrow and how to adjust the width?

r

ggplot2

pca

ggbiplot