r - phyloseq - 物种以外的分类群（科、目等）的排序

Question

我已经查看了 phyloseq 教程，但我无法确定如何确定压力水平和绘制特定类群（物种除外）的排序，例如科或其他分类。

为了说明我的观点，这里是以下R代码：

library("phyloseq")

data(GlobalPatterns)

GP <- GlobalPatterns

这是仅分离科的尝试

GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"]

GPotu <- otu_table(GP)

GPsd <- sample_data(GP)

GPpt <- phy_tree(GP)

GPnew <- phyloseq(GPotu, GPsd, GPtaxa, GPpt)

使用默认的 GlobalPatterns 数据集

GP1 <- ordinate(GP, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100)

GP1$stress

# [1] 0.1612348

使用修订后的 GlobalPatterns 数据集，将家族作为唯一的分类群

GP2 <- ordinate(GPnew, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100)

GP2$stress

# [1] 0.1612348

您如何使用 phyloseq 对物种以外的分类单元进行排序？

我知道如何在素食中做到这一点，但我需要一个 phyloseq 解决方案。

谢谢。

Answer 1

您对 tax_table() 访问器方法的调用没有像您在 post 中建议的那样进行子集化或聚合。它仅返回分类法 table，子集为公共矩阵括号表示法中的 "Family" 列。

你要找的是tax_glom先做集聚

library("phyloseq")
data(GlobalPatterns)
GPnew <- tax_glom(GlobalPatterns, "Family")

现在是按立仪式

ord1 <- ordinate(GPnew, "NMDS", "bray")
plot_ordination(GPnew, ord1, color="SampleType")

r - phyloseq - 物种以外的分类群（科、目等）的排序

r - phyloseq - ordination of taxa other than species (family, order, etc.)

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