标记圆形树状延伸树状图

Question

我正在尝试绘制成分数据的圆形树状图。使用以下代码：

library(dendextend)
library(circlize)
library(compositions)
data("Hydrochem")
hydro<-Hydrochem

d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") 
hc <- hclust(d, method = "average")
dend <- as.dendrogram(hc)
hydro$River <- as.character(hydro$River)
labels(dend) <- hydro$River[order.dendrogram(dend)]
plot(dend)

我可以通过正确的标签顺序得到我想要的正常树状图。

但是当我运行 circlize_dendrogram(dend) 时，我得到这个：

让我烦恼的是中间的树状图 - 当我不使用树状图的顺序作为标签时（即只输入 labels(dend) <- hydro$River），内部树状图很好，一切看起来都很棒。

我已经尝试更改 labels_track_height 和 dend_track_height 设置但无济于事，当我运行在较小的玩具数据集上执行相同的过程时，不会出现此问题。

有什么想法吗？

Answer 1

因此，这个问题的解决方案（如果有人可以提供更多详细信息，因为我根本不明白为什么这很重要）是在定义标签后添加第二个 dend <- as.dendrogram(hc) 调用.因此，代码如下所示：

d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") 
hc <- hclust(d, method = "average")
dend <- as.dendrogram(hc)
hydro$River <- as.character(hydro$River)
labels(dend) <- hydro$River[order.dendrogram(dend)]
dend <- as.dendrogram(hc)
circlize_dendrogram(dend)

另一位用户的注意：这不能解决问题。

Answer 2

所以你的代码实际上有两个问题： 1.标签不是唯一的。 2. 在树状图对象中更新标签后，绘图没有为标签提供足够的空间

第一个问题可以通过向您提供的非唯一标签添加数字来解决，从而使它们唯一。第二个问题的解决方案是使用 circlize_dendrogram 函数中的 labels_track_height 参数。这是更新后的代码（注意最后一行，不同之处在于）：

library(dendextend)
library(circlize)
library(compositions)
data("Hydrochem")
hydro<-Hydrochem

d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean") 
hc <- hclust(d, method = "average")
dend <- as.dendrogram(hc)

tmp <- as.character(hydro$River)[order.dendrogram(dend)]
labels(dend) <- paste0(seq_along(tmp), "_", tmp)
plot(dend)
circlize_dendrogram(dend, labels_track_height  = 0.4)

你得到的输出是这样的：

（现在在 dendextend 1.6.0 中自动完成，目前在 github 上可用 - 稍后也在 CRAN 上可用）

标记圆形树状延伸树状图

Labelling circular dendextend dendrogram

r

dendrogram

dendextend

circlize