将 defaultdict(list) 写入文件

Question

之前问过一个问题

虽然我确实根据代码获得了所需的输出，但我很难以这种形式将其作为 table 写入文件

         count pos _pos _neg
31022550     
31022550    
31022550    
31022550

ids:

for key, rows in ids.iteritems():
     for row in rows:
         print '{}\t{}'.format(key, row)

31022550    {'count': '0', 'base': '=', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022550    {'count': '2', 'base': 'A', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '2'}
31022550    {'count': '0', 'base': 'C', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022550    {'count': '1391', 'base': 'G', 'pos': '20', '_neg': '672', '_pos': '719'}
31022550    {'count': '1', 'base': 'T', 'pos': '20', '_neg': '1', '_pos': '0'}
31022440    {'count': '0', 'base': 'N', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022550    {'count': '2', 'base': '+A', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '2'}
31022551    {'count': '0', 'base': '=', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022551    {'count': '960', 'base': 'A', 'pos': '20', '_neg': '464', '_pos': '496'}
31022551    {'count': '0', 'base': 'C', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022551    {'count': '13', 'base': 'G', 'pos': '20', '_neg': '9', '_pos': '4'}
31022551    {'count': '0', 'base': 'T', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022551    {'count': '0', 'base': 'N', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022551    {'count': '288', 'base': '+G', 'pos': '20', '_neg': '117', '_pos': '171'}
31022551    {'count': '9', 'base': '+GG', 'pos': '20', '_neg': '4', '_pos': '5'}
31022551    {'count': '1', 'base': '+GGG', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '1'}

代码

with open('mycsvfile.csv', 'w') as f:
    writer = csv.writer(f)
    for k, v in ids.iteritems():
        writer.writerow([k] + v)

Answer 1

我会这样做 (python 2):

with open('mycsvfile.csv', 'wb') as f:  # binary is better, avoids blank lines in some python 2 versions
    writer = csv.writer(f,delimiter="\t")
    keys=["count","pos","_pos","_neg"]
    writer.writerow([""]+keys)
    for k, vl in ids.iteritems():
        for v in vl:
            writer.writerow([k] + [v[key] for key in keys])

您需要一个双循环来迭代每个键的列表。我已将列名存储在列表中，因此我可以重复使用它来构建列表理解中的行以及标题（第一项没有标题，我只是将其留空）

现在看起来像这样：

        count   pos     _pos    _neg
31022550        0       20      0       0
31022550        2       20      2       0
31022550        0       20      0       0

（由于制表符不够宽而略微移动，但读回它不是问题）

Python 3 个用户需要更改：

with open('mycsvfile.csv', 'wb') as f:

来自

with open('mycsvfile.csv', 'w',newline="") as f:

和

for k, vl in ids.iteritems():

来自

for k, vl in ids.items():  # also works in python 2

请注意，writerow 双循环可以替换为单行，double-loop，平面生成器理解传递给 writerows，执行速度更快：

writer.writerows([k] + [v[key] for key in keys] for k, vl in ids.items() for v in vl)

将 defaultdict(list) 写入文件

Writing defaultdict(list) to file

python

python-2.7

defaultdict

代码