BDgraph R 包在不同操作系统上产生不同（但一致）的结果

Question

我正在使用 R 中的 BDgraph 包从 G-Wishart 发行版（例如 Mohammadi 和 Wit (2015) 和 Mohammadi 等人 (2017)）生成样本，但我得到从一个 OS 到另一个的不同结果。

然而，结果在不同机器上的相同 OS 上是一致的！

为了看到这一点（并给出一个最小的可重现示例），我将从一个 OS 上的 rgwish 函数中采样（比如 linux）

library(BDgraph)
N = 10000
s=7
nu = s+5
m = sample(5:50,s,replace = TRUE)
G = matrix(nrow = s,ncol = s,
           c(0,1,0,0,0,0,0,
             0,0,1,1,0,0,0,
             0,0,0,1,1,1,0,
             0,0,0,0,1,1,0,
             0,0,0,0,0,1,0,
             0,0,0,0,0,0,1,
             0,0,0,0,0,0,0))
sample_linux <- rgwish( n = N, adj.g = G, b = nu - s + 1 , D = diag(m,s,s) )
save.image("foo.RData")

然后我会将生成的示例和参数保存在某处。重新启动（例如）Windows 和运行

load("foo.RData")
library(BDgraph)
sample_win <- rgwish( n = N, adj.g = G, b = nu - s + 1 , D = diag(m,s,s) )
plot( density( sample_linux[7,7,],n=2024), type="l")
lines( density( sample_win[7,7,],n=2024 ) ,col="red" )

根据我的经验，两个边缘分布（本例中最后一个对角线元素）明显不同：

但是，如果我在安装了 linux 的另一台机器上重复该过程，则两个示例会重合。底层图 G 似乎并不重要，我已经尝试使用可分解图或不可分解图，并尝试了邻接矩阵的不同格式（有或没有对角线，对称或上三角等。）虽然这里的那个似乎成为首选格式，并且作者在 rgwish 函数中对其进行了更正。

R 版本在所有机器和 BDgraph 上都是 3.4.1，所有连接的包都是最新版本*。

对于那些可能好奇的人 OSX 给出了始终不同的第三组答案...

我能想到的唯一改变是 BLAS 和 LAPACK 库，但我没有在我的 linux 系统上安装任何 "experimental"/weird 包 openBLAS，而且我没有甚至不知道 Windows 上的哪一个（来自 CRAN 的二进制文件中带有 R 的那个）...

编辑：我想没有真正的问题，所以...你怎么看？知道为什么会发生这种情况吗？知道如何解决这个问题吗？

直到被证明是错误的，我会假设我是做错事的人，无论是在采样还是在验证中，所以我决定在直接联系包的维护者之前写在这里。

*（在这两种情况下，从 github 编译的 igraph 在 linux 上正常安装失败。）

Answer 1

问题已从（我相信）版本 2.42 的软件包中解决。

问题出在某些 OMP 并行区域内的随机数采样。 Linux 和 MacOSX 可以使用 OMP 而我的 Windows 下的版本不能，因此在不同的操作系统下结果不同（Windows 版本是正确的供参考）。

软件包的作者找出了问题并提供了修复程序，该修复程序将在下一个版本发布时提供。

BDgraph R 包在不同操作系统上产生不同（但一致）的结果

BDgraph R package producing different (but consistent) results on different OSs

linux

windows

r

blas

r-package