Networkx Python 边比较

Question

我一直在尝试为一个项目构建一个图表，并且在用更多信息填充它之后，我一直在尝试识别新添加的边。

例如下面你可以看到它的第一次和第二次迭代：

-------------------- 一般信息图 H-------------------- ----------

Total number of Nodes in Graph:  2364
Total number of Edges:  3151

-------------------- 一般信息图 G ------------------ ----------

Total number of Nodes in Graph:  6035
Total number of Edges:  11245

我一直面临的问题是当我尝试使用代码识别新添加的边时：

counter = 0
edges_all = list(G.edges_iter(data=True)) 
edges_before = list(H.edges_iter(data=True)) 
print "How many edges in old graph: ", len(edges_before)
print "How many edges in new graph: ", len(edges_all)
edge_not_found = []
for edge in edges_all:
    if edge in edges_before:
        counter += 1
    else:
        edge_not_found.append(edge)
print "Edges found: ", counter
print "Not found: ", len(edge_not_found)

我得到了这些结果：

How many edges in old graph:  3151
How many edges in new graph:  11245
Edges found:  1601
Not found:  9644

我不明白为什么我找到的是 1601 而不是 11245-3151 = 8094

有什么想法吗？

谢谢！

Answer 1

TL/DR：对于您所看到的内容有一个简单的解释，如果您读到最后，编写代码的方法会更短（沿途有很多解释）。

首先请注意，Edges found 看起来像是 H 和 G 中的边数。所以它应该只有3151，而不是8094。8094应该是Not found。请注意，找到的边数 1601 大约是您预期数量的一半。这是有道理的，因为：

我认为您遇到的问题是，当 networkx 列出边缘时，边缘可能在 edges_before 中显示为 (a,b)。但是在 edges_after 中，它可能会在列表中显示为 (b,a)。

所以 (b,a) 不会出现在 edges_before 中。它将无法通过您的测试。假设边缘顺序在 H 和 G 列出时不相关，您会发现其中大约一半通过。您可以进行不同的测试，看看 (b,a) 是否是 H 的边。这是H.has_edge(b,a)

一个简单的改进：

for edge in edges_all:
    if H.has_edge(edge[0],edge[1]):
        counter += 1
    else:
        edge_not_found.append(edge)

这让您甚至可以避免定义 edges_before。

你也可以通过更好的改进来避免定义edges_all：

for edge in G.edges_iter(data=True):
    if H.has_edge(edge[0],edge[1]):
        etc

注意：我将其写成 H.has_edge(edge[0],edge[1]) 以明确发生了什么。更复杂的写法是 H.has_edge(*edge)。 *edge 表示法 unpacks the tuple.

最后，使用 list comprehension 可以更好地获得 edge_not_found:

edge_not_found = [edge for edge in G.edges_iter(data=True) if not H.has_edge(*edge)]

这将创建一个由 edge 组成的列表，这些列表在 G 中但不在 H 中。

将所有这些放在一起（并使用 .size() 命令计算网络中的边数），我们得到一个更清晰的版本：

print "How many edges in old graph: ", H.size()
print "How many edges in new graph: ", G.size()
edge_not_found = [edge for edge in G.edges_iter(data=True) if not H.has_edge(*edge)]
print "Not found: ", len(edge_not_found)
print "Edges found: ", G.size()-len(edge_not_found)

Networkx Python 边比较

Networkx Python Edges Comparison

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