GO.db - 获取最新的基因 Ontology 注释
GO.db - Get newest Gene Ontology annotations
我正在使用 R (v3.3.2) 中的 GO.db
包来访问有关基因 Ontology 的信息。我可以通过 运行 命令看到 GO.db
我的注释已经过时了。 (我知道 2017 年发布了一组较新的注释)。
> GO.db
GODb object:
| GOSOURCENAME: Gene Ontology
| GOSOURCEURL: ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/godatabase/archive/latest-lite/
| GOSOURCEDATE: 2016-Sep21
| Db type: GODb
| package: AnnotationDbi
| DBSCHEMA: GO_DB
| GOEGSOURCEDATE: 2016-Sep26
| GOEGSOURCENAME: Entrez Gene
| GOEGSOURCEURL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA
| DBSCHEMAVERSION: 2.1
我已尝试卸载并重新安装软件包,但 GOSOURCEDATE
值保持不变。
我想知道什么样的 R 命令序列可以让我加载较新的注释。我需要安装更新版本的 R 吗?
Bioconductor版本信息如下:
> BiocInstaller::biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
sessionInfo
命令的输出如下(包括我的应用程序也加载了很多不相关的包。
> sessionInfo()
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252 LC_CTYPE=English_Canada.1252 LC_MONETARY=English_Canada.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_Canada.1252
attached base packages:
[1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] cowplot_0.8.0 ggplot2_2.2.1 xlsx_0.5.7 xlsxjars_0.6.1 rJava_0.9-8
[6] reshape2_1.4.2 metap_0.8 GO.db_3.4.0 annotate_1.52.1 XML_3.98-1.9
[11] org.Hs.eg.db_3.4.0 AnnotationDbi_1.36.2 IRanges_2.8.2 S4Vectors_0.12.2 Biobase_2.34.0
[16] BiocGenerics_0.20.0 homologene_1.0 magrittr_1.5 tidyr_0.7.1 dplyr_0.7.3
[21] readr_1.1.1 tmod_0.31
loaded via a namespace (and not attached):
[1] beeswarm_0.2.3 purrr_0.2.3 lattice_0.20-34 colorspace_1.3-2 htmltools_0.3.6 blob_1.1.0
[7] rlang_0.1.2 glue_1.1.1 DBI_0.7 bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 bindrcpp_0.2
[13] bindr_0.1 plyr_1.8.4 pca3d_0.10 stringr_1.2.0 munsell_0.4.3 gtable_0.2.0
[19] htmlwidgets_0.9 memoise_1.1.0 knitr_1.17 httpuv_1.3.5 Rcpp_0.12.12 xtable_1.8-2
[25] scales_0.5.0 jsonlite_1.5 mime_0.5 bit_1.1-12 ellipse_0.3-8 hms_0.3
[31] digest_0.6.12 stringi_1.1.5 tagcloud_0.6 shiny_1.0.5 grid_3.3.2 tools_3.3.2
[37] bitops_1.0-6 rgl_0.98.1 lazyeval_0.2.0 RCurl_1.95-4.8 tibble_1.3.4 RSQLite_2.0
[43] pkgconfig_2.0.1 assertthat_0.2.0 R6_2.2.2 plotwidgets_0.4
我在支持网站上找不到你的问题,所以我可以在这里给你一个。
看来您使用的是 Bioconductor 3.4 版。您的所有注释包似乎都已过时。如果要使用当前版本注释,则必须将 R 版本更新为当前版本 (3.4.1),然后 运行 命令 BiocInstaller::biocLite("biocUpgrade")
.
我正在使用 R (v3.3.2) 中的 GO.db
包来访问有关基因 Ontology 的信息。我可以通过 运行 命令看到 GO.db
我的注释已经过时了。 (我知道 2017 年发布了一组较新的注释)。
> GO.db
GODb object:
| GOSOURCENAME: Gene Ontology
| GOSOURCEURL: ftp://ftp.geneontology.org/pub/go/godatabase/archive/latest-lite/
| GOSOURCEDATE: 2016-Sep21
| Db type: GODb
| package: AnnotationDbi
| DBSCHEMA: GO_DB
| GOEGSOURCEDATE: 2016-Sep26
| GOEGSOURCENAME: Entrez Gene
| GOEGSOURCEURL: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA
| DBSCHEMAVERSION: 2.1
我已尝试卸载并重新安装软件包,但 GOSOURCEDATE
值保持不变。
我想知道什么样的 R 命令序列可以让我加载较新的注释。我需要安装更新版本的 R 吗?
Bioconductor版本信息如下:
> BiocInstaller::biocLite()
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.4 (BiocInstaller 1.24.0), R 3.3.2 (2016-10-31).
sessionInfo
命令的输出如下(包括我的应用程序也加载了很多不相关的包。
> sessionInfo()
R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
locale:
[1] LC_COLLATE=English_Canada.1252 LC_CTYPE=English_Canada.1252 LC_MONETARY=English_Canada.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_Canada.1252
attached base packages:
[1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] cowplot_0.8.0 ggplot2_2.2.1 xlsx_0.5.7 xlsxjars_0.6.1 rJava_0.9-8
[6] reshape2_1.4.2 metap_0.8 GO.db_3.4.0 annotate_1.52.1 XML_3.98-1.9
[11] org.Hs.eg.db_3.4.0 AnnotationDbi_1.36.2 IRanges_2.8.2 S4Vectors_0.12.2 Biobase_2.34.0
[16] BiocGenerics_0.20.0 homologene_1.0 magrittr_1.5 tidyr_0.7.1 dplyr_0.7.3
[21] readr_1.1.1 tmod_0.31
loaded via a namespace (and not attached):
[1] beeswarm_0.2.3 purrr_0.2.3 lattice_0.20-34 colorspace_1.3-2 htmltools_0.3.6 blob_1.1.0
[7] rlang_0.1.2 glue_1.1.1 DBI_0.7 bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 bindrcpp_0.2
[13] bindr_0.1 plyr_1.8.4 pca3d_0.10 stringr_1.2.0 munsell_0.4.3 gtable_0.2.0
[19] htmlwidgets_0.9 memoise_1.1.0 knitr_1.17 httpuv_1.3.5 Rcpp_0.12.12 xtable_1.8-2
[25] scales_0.5.0 jsonlite_1.5 mime_0.5 bit_1.1-12 ellipse_0.3-8 hms_0.3
[31] digest_0.6.12 stringi_1.1.5 tagcloud_0.6 shiny_1.0.5 grid_3.3.2 tools_3.3.2
[37] bitops_1.0-6 rgl_0.98.1 lazyeval_0.2.0 RCurl_1.95-4.8 tibble_1.3.4 RSQLite_2.0
[43] pkgconfig_2.0.1 assertthat_0.2.0 R6_2.2.2 plotwidgets_0.4
我在支持网站上找不到你的问题,所以我可以在这里给你一个。
看来您使用的是 Bioconductor 3.4 版。您的所有注释包似乎都已过时。如果要使用当前版本注释,则必须将 R 版本更新为当前版本 (3.4.1),然后 运行 命令 BiocInstaller::biocLite("biocUpgrade")
.