检索预期 data.frame 以测试预期

Question

我想测试一个函数 returns 是否符合预期 data.frame。 data.frame 太大而无法在 R 文件中定义（例如，使用类似 structure() 的内容）。当我尝试从磁盘进行简单检索时，我在环境上做错了，例如：

test_that("SO example for data.frame retreival", {   
  path_expected <- "./inst/test_data/project_longitudinal/expected/default.rds"
  actual <- data.frame(a=1:5, b=6:10) #saveRDS(actual, file=path_expected)
  expected <- readRDS(path_expected)
  expect_equal(actual, expected, label="The returned data.frame should be correct")
})

当运行在控制台中时，这些行正确执行。但是当我运行devtools::test()时，从文件中读取rds/data.frame时出现如下错误

1. Error: All Records -Default ----------------------------------------------------------------
cannot open the connection
1: withCallingHandlers(eval(code, new_test_environment), error = capture_calls, message = function(c) invokeRestart("muffleMessage"), 
       warning = function(c) invokeRestart("muffleWarning"))
2: eval(code, new_test_environment)
3: eval(expr, envir, enclos)
4: readRDS(path_expected) at test-read_batch_longitudinal.R:59
5: gzfile(file, "rb")

要完成这项工作，需要对环境进行哪些调整？如果没有简单的方法，那么测试大型 data.frames 的好方法是什么？

Answer 1

我建议您查看优秀的 ensurer 软件包。您可以将这些函数包含在函数本身中（而不是作为 testthat 测试集的一部分）。如果数据框（或您要检查的任何对象）不满足您的要求，它将抛出错误，并且如果它通过您的测试，它只会 return 该对象。 testthat 的不同之处在于 ensurer 是为了在运行时检查你的对象，这可能会绕过你面临的整个环境问题，因为对象是在函数内部测试的运行时间。请参阅 this vignette 的末尾，了解如何根据您可以制作的尽可能详细的模板测试数据框。您还会在函数内找到许多其他可以运行的测试。在这种情况下，这种方法似乎比 testthat 更可取。

Answer 2

根据@Gavin Simpson 的评论，问题不涉及环境，而是文件路径。更改 snippet's second line 有效。

path_qualified <- base::file.path(
    devtools::inst(name="REDCapR"),
    test_data/project_longitudinal/expected/dummy.rds"
)

无论我是在交互式调试还是在测试运行（因此 inst 是否在路径中），都会找到文件的位置。

检索预期 data.frame 以测试预期

Retrieving expected data.frame for testthat expectation

unit-testing

r

dataframe

testthat