在 py3 中使用 h5py 打开后，使用 h5py py2 制作的 hdf5 损坏
hdf5 made with h5py py2 corrupted after opening with h5py in py3
问题
我在 python 2.7.
中使用 h5py 创建了一个文件
这些步骤会导致损坏：
我使用 scp 从合作者那里下载了一份新副本。整整286MB.
我用 hdfview 打开它来检查它是否可读。这会正确显示所有数据集和组。
我退出 hdfview。
重复步骤 2 和 3 以确保 hdfview 没有损坏文件。
我打开 ipython 3.6 并且，
import h5py
f = h5py.File(filename,'r')
g = f['/sol000']#one group that should be there
我得到KeyError: "Unable to open object (Object 'sol000' doesn't exist)"
- 我
f.close()然后退出ipython。我再次用 hdfview 打开它，整个结构都消失了。该文件现在是 4KB。
我可以在 python 2 hdf5 中打开文件并访问所有数据集，但我的代码必须使用 python 3。
系统
在 Fedora 24 64 位、python 2.7、hdf5 2.7.0
上创建的文件
系统试图在 Fedora 25 64 位 python 3.6、h5py 2.7.0
上读取它
显示的最少代码应该可以工作
在系统 1 上：
import h5py
import numpy as np
f = h5py.File("file.hdf5","w")
f.create_dataset("/sol000/data",(100,100),dtype=float)
f["/sol000/data"] = np.zeros([100,100],dtype=float)
f.close()
在系统 2 上：执行步骤 1-4。
import h5py
f = h5py.File("file.hdf5","r")
f.visit(lambda *x:print(x))
#(sol000/data,)
f.close()
解决方案是强制执行 libver=earliest。 IE。以下代码用于打开文件：
import h5py
f = f.File("file.hdf5","r",libver="earliest")
我发现 h5py 文档中可能存在不一致之处。
It claims
The “earliest” option means that HDF5 will make a best effort to be
backwards compatible.
The default is “earliest”.
如果它仅在我明确设置时才有效，则这不可能是真的。
事实证明，我的合作者使用旧版本的 hdf5 C 库创建了可损坏的文件。
问题
我在 python 2.7.
中使用 h5py 创建了一个文件这些步骤会导致损坏：
我使用
scp从合作者那里下载了一份新副本。整整286MB.我用
hdfview打开它来检查它是否可读。这会正确显示所有数据集和组。我退出 hdfview。
重复步骤 2 和 3 以确保
hdfview没有损坏文件。我打开 ipython 3.6 并且，
import h5py f = h5py.File(filename,'r') g = f['/sol000']#one group that should be there
我得到KeyError: "Unable to open object (Object 'sol000' doesn't exist)"
- 我
f.close()然后退出ipython。我再次用hdfview打开它，整个结构都消失了。该文件现在是 4KB。
我可以在 python 2 hdf5 中打开文件并访问所有数据集，但我的代码必须使用 python 3。
系统
在 Fedora 24 64 位、python 2.7、hdf5 2.7.0
上创建的文件系统试图在 Fedora 25 64 位 python 3.6、h5py 2.7.0
上读取它显示的最少代码应该可以工作
在系统 1 上：
import h5py
import numpy as np
f = h5py.File("file.hdf5","w")
f.create_dataset("/sol000/data",(100,100),dtype=float)
f["/sol000/data"] = np.zeros([100,100],dtype=float)
f.close()
在系统 2 上：执行步骤 1-4。
import h5py
f = h5py.File("file.hdf5","r")
f.visit(lambda *x:print(x))
#(sol000/data,)
f.close()
解决方案是强制执行 libver=earliest。 IE。以下代码用于打开文件：
import h5py
f = f.File("file.hdf5","r",libver="earliest")
我发现 h5py 文档中可能存在不一致之处。 It claims
The “earliest” option means that HDF5 will make a best effort to be backwards compatible.
The default is “earliest”.
如果它仅在我明确设置时才有效，则这不可能是真的。 事实证明，我的合作者使用旧版本的 hdf5 C 库创建了可损坏的文件。