R 管道链错误处理中的 tryCatch() 或 exists()

Question

我目前正在尝试从一些上游计算中创建 table 值时出现问题。通常，我一直假设每次创建这些数据框时至少有一个值为 1；但我遇到了一个情况并非如此的例子，最后得到一个 table 看起来像这样：

df <- data.frame(
  Experiment_Batch = c(rep("008_1", 83),
                       rep("008_6", 82),
                       rep("520_0", 2),
                       rep("944_10", 84),
                       rep("944_8", 85),
                       rep("944_9", 72)),
  Overall = rep(0, 408)
  )

这导致了以下下游处理：

df %>% 
  dplyr::count(Experiment_Batch, Overall) %>%
  tidyr::spread(Overall, n, fill = 0) %>% 
  dplyr::select(Experiment_Batch, `1`)

出错：Error in overscope_eval_next(overscope, expr) : object '1' not found。

我试过使用 tryCatch() 和 exists()，但我似乎无法使它们正常工作。理想情况下，这一切都可以使用管道运算符优雅地处理。我已经知道我可以创建一个对象并根据需要在我的工作流程中添加一些 if-else 语句，但我想知道是否有... "more interesting" 方法来解决这个问题，所以我不会不必中断工作。

Answer 1

如果要在列不存在的情况下忽略 selection，则可以使用 select 辅助函数；这里 matches("^1$") 将尝试 select 名称与 1 完全匹配的列，因为数据框没有该列，它只是忽略 selection 作为 matches returns integer(0):

library(tidyverse)
df %>% 
    count(Experiment_Batch, Overall) %>%
    spread(Overall, n, fill = 0) %>% 
    select(Experiment_Batch, matches("^1$"))

# A tibble: 6 x 1
#  Experiment_Batch
#*           <fctr>
#1            008_1
#2            008_6
#3            520_0
#4           944_10
#5            944_8
#6            944_9

matches returns integer(0) 当没有列名称匹配在 select 中被忽略的模式时：

matches("^1$", vars = c("0", "experiment"))
# integer(0)

matches("^1$", vars = c("0", "experiment", "1"))
# [1] 3

如果需要自定义错误捕捉：

library(tidyverse)
df %>% 
    count(Experiment_Batch, Overall) %>%
    spread(Overall, n, fill = 0) %>% 
    {
        tryCatch(
            select(., Experiment_Batch, `1`), 
            error=function(e) select(., Experiment_Batch)
        )
    }
    # replace the error with the customized function to handle the exception

# A tibble: 6 x 1
#  Experiment_Batch
#*           <fctr>
#1            008_1
#2            008_6
#3            520_0
#4           944_10
#5            944_8
6            944_9

R 管道链错误处理中的 tryCatch() 或 exists()

tryCatch() or exists() in R pipe chain error handling

r

try-catch

dplyr

magrittr