np.sum 的 Numba nopython 错误

Question

如果我使用这个功能

import numpy as np
from numba import jit

@jit(nopython=True)
def diss_matrix(data):
    n = data.shape[0]
    diss = np.empty((n, n))
    for i in range(n):
        for j in range(i):
            dist = np.absolute(data[i] - data[j]).sum()
            diss[i, j] = dist
            diss[j, i] = dist
    return diss

x = np.random.randn(100)
print(diss_matrix(x))

我收到这个错误

numba.errors.UntypedAttributeError: Failed at nopython (nopython frontend)
Unknown attribute 'sum' of type float64
File "test_numba.py", line 11
[1] During: typing of get attribute at 
c:/Users/matte/Dropbox/Università/SDS/Thesis/source/test_numba.py (11)

我一直在努力理解这意味着什么。事实是，触发错误的指令如下

dist = np.absolute(data[i] - data[j]).sum()

但我认为问题在于，不知何故，numba 假定 data[i] 和 data[j] 是 float64 而不是数组。其实就是下面的代码

@jit(nopython=True)
def diss_matrix3():
    vec1 = np.array([1, 2, 3])
    vec2 = np.array([2, 3, 4])
    dist = np.absolute(vec1 - vec2).sum()
    return dist

完美运行。

我正在使用 numba 0.35 并且我正在尝试找到一种方法来使该功能正常工作。我知道 scipy.spatial.distance.pdist 的存在，但我需要自己实现。而且，以后可能还会出现同样的错误。

有什么建议吗？

Answer 1

如果你看np.random.randn(100)的形状是(100,)，所以data[i]确实是一个标量，而不是数组。如果您使用 np.random.randn(100,100) 它应该可以工作。查看 docs for randn 以获得有关该功能如何工作的更详细说明。

np.sum 的 Numba nopython 错误

Numba nopython error with np.sum

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