在 ggraph 中使用 lat/long 数据进行布局时出现问题

Question

我正在尝试弄清楚如何在 ggraph 中使用 lat/long 布局，但我似乎无法理解语法。考虑这个代表，其中一些数据是从 iris 数据集修改的：

data <- structure(list(Sepal.Length = c(5.1, 4.9, 4.7, 4.6, 5, 5.4, 4.6, 
5, 4.4, 4.9, 5.4, 4.8), Sepal.Width = c(3.5, 3, 3.2, 3.1, 3.6, 
3.9, 3.4, 3.4, 2.9, 3.1, 3.7, 3.4), Lon = c(-122.683, -122.688, 
-122.686, -122.683, -122.678, -122.675, -122.674, -122.673, -122.676, 
-122.674, -122.677, -122.68), Lat = c(45.523, 45.52, 45.514, 
45.515, 45.513, 45.514, 45.517, 45.519, 45.519, 45.522, 45.524, 
45.521)), class = "data.frame", .Names = c("Sepal.Length", "Sepal.Width", 
"Lon", "Lat"), row.names = c(NA, -12L))

library(ggplot2)
library(igraph)
library(ggraph)

坐标位置的简单图如下所示：

ggplot(data, aes(x = Lon, y = Lat)) +
  geom_point(size = 6)

layout 接受矩阵，所以我将在此处提取坐标并将其转换为矩阵：

spatial_layout <- layout.norm(as.matrix(data[,c(3,4)]))

然后把data变成一个igraph对象：

igraph_data <- graph_from_data_frame(data)

如果我使用基本 plot.igraph 绘图，则布局符合预期；每个点的空间坐标：

plot.igraph(igraph_data, layout = spatial_layout)

现在我运行遇到了问题。我宁愿用ggraph来利用ggplot2的力量。但是我不确定如何让它接受空间布局。这不起作用：

ggraph(igraph_data, spatial_layout) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
  geom_node_text(aes(label = name))

Error in create_layout.igraph(graph, layout, ...) : Unknown layout

也没有尝试创建自定义布局：

create_layout(data, layout = "spatial_layout")

Error in create_layout.default(data, layout = "spatial_layout") :
No layout function defined for objects of class data.frame

手动将 lat/long 数据添加到 igraph 对象似乎也不起作用：

igraph_data$layout=cbind(E(igraph_data)$Lon,E(igraph_data)$Lat)
ggraph(igraph_data) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
  geom_node_text(aes(label = name))

Using nicely as default layout Error in data.frame(..., check.names = FALSE) : arguments imply differing number of rows: 12, 17

所以最终我的问题是如何将空间数据添加到 ggraph 布局？显然我在这里遗漏了一些东西，但我似乎无法找到正确的方法。

Answer 1

我们可以用 ggraph::create_layout 进行等效的手动布局。但首先，我们需要使空间坐标的数量与我们传递的图中的顶点数量相匹配。看起来 plot.igraph 正在默默地回收您的原始布局。

# must have columns named x and y
data2 <-  data.frame(x = rep(spatial_layout[,1], length.out = 17),
                     y = rep(spatial_layout[,2], length.out = 17))

然后使用 ?layout_igraph_manual 的帮助页面作为后续参数名称的指南。

manual_layout <- create_layout(graph = igraph_data,
              layout = "manual", node.positions = data2)

注意：我在直接调用函数时引发警告Error: 'layout_igraph_manual' is not an exported object from 'namespace:ggraph'。

那我们就可以把它插入原来的：

ggraph(manual_layout) + 
    geom_edge_link() +
    geom_node_point(color = "black", size = 9, pch = 1) +
    geom_node_text(aes(label = name))

默认情况下轴限制不同，但这是一个小 + xlim(-2.5,2.5)#ish 调整。

在 ggraph 中使用 lat/long 数据进行布局时出现问题

Problems using lat/long data for a layout in ggraph

r

igraph

ggraph