在 python 中查找两个字符串的唯一组合

Question

我有两个字符串：

StringA: ['K', 'T', 'T', 'T', 'K', 'K', 'G', 'T', 'T', 'T', 'T', 'K', 'K']

StringB: ['T', 'K', 'G', 'G', 'K', 'T', 'T', 'K', 'G', 'G', 'K', 'K', 'T']

我想测试一下有多少种独特的字母组合。字符串是有序的，所以我只想匹配 StringA 位置 1 和 StringB 位置 1，StringA 位置 2 和 StringB 位置 2，等等。所以上面的字符串是 (KT), (TK), (TG), (TG), (KK), (KT), (GT), (TK), (TG), (TG), (TK), (KK), (KT).

并且有 5 个独特的组合：(KT), (TK), (TG), (GT), (KK)

我使用以下代码从两个 .csv 文件生成字符串。

import sys
import csv

pairlist = open(sys.argv[1], 'r')
snp_file = open(sys.argv[2], 'r')

pair = csv.reader(pairlist, delimiter=',')
snps = csv.reader(snp_file, delimiter=',')

output = open(sys.argv[1]+"_FGT_Result", 'w')

snp1 = []
snp2 = []

firstpair = pair.next()

locusa = firstpair[0]
locusb = firstpair[1]

f = snps
        #search = snp.readlines()
for i, row in enumerate(f):
    if locusa in row:
        hita = row
        #print hita
        snp1.append(hita[2])
    if locusb in row:
        hitb = row
        #print hitb
        snp2.append(hitb[2])

print snp1
print snp2

pairlist.close()
snp_file.close()
output.close()

但我不知道如何进行比较。我曾尝试将字符串转换为集合，正如我在另一个线程中读到的那样，这是必需的，但我不确定为什么，我无法让它工作。

Answer 1

只需使用 zip 和 set 组合两个字符串列表并获得唯一组合。我对 return 组合字符串使用了列表理解：

>>> unique = [''.join(x)  for x in set(list(zip(StringA, StringB)))]
>>> unique
['TG', 'GT', 'KT', 'TK', 'KK']

或者，如果您只想将它们放在 set 中，您可以删除列表理解：

>>> unique = set(zip(StringA, StringB))
>>> unique
{('T', 'K'), ('T', 'G'), ('K', 'K'), ('K', 'T'), ('G', 'T')}

Answer 2

您可以使用 zip 函数和 set 创建预期列表：

>>> z=set(zip(a,b))
>>> z
set([('T', 'G'), ('K', 'T'), ('T', 'K'), ('G', 'T'), ('K', 'K')])

然后使用 itertools 模块中的 chain 和 combinations 函数来创建组合：

>>> a=['K', 'T', 'T', 'T', 'K', 'K', 'G', 'T', 'T', 'T', 'T', 'K', 'K']
>>> b=['T', 'K', 'G', 'G', 'K', 'T', 'T', 'K', 'G', 'G', 'K', 'K', 'T']
>>> from itertools import combinations,chain
>>> z=[''.join(k) for k in set(zip(a,b))]
>>> z
['TG', 'KT', 'TK', 'GT', 'KK']
>>> list(chain.from_iterable(combinations(z, r) for r in range(len(z)+1)))
[(), ('TG',), ('KT',), ('TK',), ('GT',), ('KK',), ('TG', 'KT'), ('TG', 'TK'), ('TG', 'GT'), ('TG', 'KK'), ('KT', 'TK'), ('KT', 'GT'), ('KT', 'KK'), ('TK', 'GT'), ('TK', 'KK'), ('GT', 'KK'), ('TG', 'KT', 'TK'), ('TG', 'KT', 'GT'), ('TG', 'KT', 'KK'), ('TG', 'TK', 'GT'), ('TG', 'TK', 'KK'), ('TG', 'GT', 'KK'), ('KT', 'TK', 'GT'), ('KT', 'TK', 'KK'), ('KT', 'GT', 'KK'), ('TK', 'GT', 'KK'), ('TG', 'KT', 'TK', 'GT'), ('TG', 'KT', 'TK', 'KK'), ('TG', 'KT', 'GT', 'KK'), ('TG', 'TK', 'GT', 'KK'), ('KT', 'TK', 'GT', 'KK'), ('TG', 'KT', 'TK', 'GT', 'KK')]

Answer 3

snp1 = ['K', 'T', 'T', 'T', 'K', 'K', 'G', 'T', 'T', 'T', 'T', 'K', 'K']
snp2 = ['T', 'K', 'G', 'G', 'K', 'T', 'T', 'K', 'G', 'G', 'K', 'K', 'T']
combinations = []
for a,b in zip(snp1, snp2):
    combinations.append(a+b)         

print list(set(combinations))

输出：

['KK', 'TG', 'GT', 'TK', 'KT']

或者一个简单的衬垫就可以了：

list(set([a+b for a,b in zip(snp1, snp2)]))

输出：

['KK', 'TG', 'GT', 'TK', 'KT']

在 python 中查找两个字符串的唯一组合

Finding unique combinations of two strings in python

python

string

compare

unique

python-2.7