Weblogo-硒代半胱氨酸字母表

Weblogo - selenocysteine alphabet

我想用硒代半胱氨酸生成徽标，但是当我选择带有 reduced_protein_alphabet 的选项时，出现错误 'Repetative alphabet'

weblogo -f sc.txt -D fasta -o sc_logo -F pdf -a reduced_protein_alphabet -s large -n 100 -c chemistry

我的解决方法： 这是我所做的

  1. 检查infile是否有错误

  2. 在选项 -a 中添加字母 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVUWY'

  3. 这个字母表中的颜色氨基酸-C

    weblogo -f sc.txt -D fasta -o logo -F pdf -n 100 -A protein -a 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVUWY' -s large -C 黄色 U 硒代半胱氨酸 -C 红色 DE 酸性 -C黑色 AVLIPWFM 疏水性 -C 蓝色 KRH 碱性 -C 紫色 QN 中性 -C 绿色 GSTYC 极性

没想到这么简单。也许它会对某人有所帮助！